Окончил Морской кадетский корпус (1880), механическое отделение Николаевской морской академии (1886), Артиллерийский офицерский класс (1891). Командовал миноносцем № 120 (1897—1898), был старшим офицером мореходной канонерской лодки «Грозящий» (1898-1900). Командир парохода «Славянка» (1901—1902), крейсера 2-го ранга «Новик» (6 февраля 1902 — 17 марта 1904), эскадренного броненосца «Севастополь» (17 марта — 20 декабря 1904).
Отказался идти в японский плен, дал подписку о неучастии в войне, через США вернулся в Россию. Заведующий стратегической частью Главного морского штаба (1905). Командир строящегося в Англии крейсера «Рюрик» (1906). Командующий Отрядом минных крейсеров (1906—1908). Начальник соединенных отрядов Балтийского моря на правах начальника Морских сил (1908—1909). Исполняющий должность начальника Действующего флота Балтийского моря (1909—1910), начальник Действующего флота Балтийского моря (1910—1911). Командующий Морскими силами Балтийского моря (1911—1914), флотом Балтийского моря (1914—1915).
Умер в Ревеле, погребён на Новодевичьем кладбище в Петрограде.
Его сын, Антоний Николаевич фон Эссен, был флагманским штурманом штаба дивизиона подводных лодок, командиром подводной лодки «АГ-14», погиб при выполнении боевого задания осенью 1917.
В июле 2011 года на судостроительном заводе «Янтарь» в Калининграде заложен фрегат «Адмирал Эссен» - второй корабль проекта 11356. Предполагается, что фрегат будет принят на вооружение ВМФ России в 2014 году и будет нести боевую вахту на Черноморском флоте.