Родился 5 (17) мая 1845 года в деревне Вымно возле Витебска в семье пономаря. Получил начальное образование, пел в архиерейском хоре. Получал образование в Витебском духовном училище. В 1861 году, как лучший ученик училища, был переведён в Витебскую семинарию, где, в частности, собирал материалы для борьбы с пережитками язычества для ожидаемой работы священником в будущем. В 1867 году Никифоровскому предложили поступить в Петербургскую духовную академию за собственный счёт, однако осложнившееся материальное положение заставило его безуспешно просить помощи в трудоустройстве у архиерея. После неудачных попыток стать священником Никифоровский начал работать учителем в народном училище в деревне Ловжа. Впоследствии Никифоровский работал в учебных заведениях Витебска учителем. На рубеже XIX—XX веков Никифоровский работал и в сфере археографии, публикуясь в «Полоцких епархиальных ведомостях» и сотрудничая с Д. И. Довгялло.
Никифоровский активно занимался сбором этнографического материала, прежде всего его интересы касались духовной культуры белорусов. Кроме того, в работе «Очерки простонародного житья-бытья в Витебской Белоруссии и описание предметов обиходности» собраны сведения о материальной культуре крестьян Витебской губернии и их занятиях. Также он сотрудничал с известным этнографом Павлом Шейном (знаком с ним с 1871 г.) и был его самым активным корреспондентом. С середины 1890-х гг. сотрудничал с Е. Ф. Карским.
В 1890 году Никифоровский стал членом Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии, а затем был принят в Русское географическое общество (1897). С 1895 г. являлся членом Витебского губернского статистического комитета, Витебского церковно-археологического музея. Редактировал журнал «Этнографическое обозрение».
Умер Никифоровский в 1910 году в Витебске. Посмертно (в 1911 году) вышел сборник «Белорусские песни-частушки», в котором было опубликовано 2356 частушек, собранных Никифоровским и его помощниками.