Основные сведения о жизни императора Нинтоку можно почерпнуть в изложении Нихон сёки. Согласно этой книге, Нинтоку правил с 14 февраля 313 года по 7 февраля 399 года. Некоторые учёные сомневаются в реальном существовании императора Нинтоку. Однако большинство японских, западных и российских исследователей считают, что Нинтоку царствовал в начале V века (418-425/427 годы испр. хрон.) и упомянут в китайских источниках как японский правитель Цзань (ср.: прижизненное имя Нинтоку - О-садзаки). Был 4-м сыном императора ?дзина (прижизненное имя Хомуда, др.-яп. Помута) и отцом императоров Ритю, Ханзэя и Ингё.
В конце своего правления отец Нинтоку - престарелый государь Хомуда (посмертное почётное имя - ?дзин) отошёл от дел управления страной и разделил власть между тремя сыновьями - принцем Удзи-но ваки-ирацуко, принцем ?-садзаки и принцем ?-яма-мори. После смерти государя Хомуда к власти пришёл принц Удзи-но ваки-ирацуко, ставший непризнанным государем Удзи. В конце концов, борьба за власть, начавшаяся между тремя принцами, привела к тому, что на престол Ямато вступил государь ?-садзаки (посметрное почётное имя - Нинтоку).
Первая жена государя Нинтоку - Принцесса Ива (????), известная также как Императрица Иванохимэ (????) происходившая из рода Императора Когэна, была поэтесса, чьи стихи включены в антологию Манъёсю.
Под руководством Нинтоку были спроектированы и построены защитные валы Намба но Хориэ, предохранявшие равнину Кавати от наводнений, а также вала Ёконо близ Осаки. Возведение этих валов контролировалось Императорским двором. Это было первое в Японии долговременное инженерное сооружение.
Гробница императора Нинтоку в Сакаи близ Осаки представляет собой крупнейший кофун в Японии.