Дебютировал в феврале 2001 года.
Во 2-м бою проиграл малоизвестному боксеру.
В июле 2007 года встретился с непобеждённым чемпионом мира в в наилегчайшей весовой категории по версии IBF Вахтангом Дарчиняном. Перед боем на официальном сайте Вика Дарчиняна было написано: «Нонито Донэр, младший брат Гленна Донейра, готов доказать, что он балерун, как и его брат, а не боксёр. Приходите посмотреть как Дарчинян заставит Нонито Донейра танцевать»(англ. Nonito Donaire younger brother of Glenn Donaire is ready to proove that he is a ballet dancer just like his brother not a boxer. Come and see Vic Dadrchinyan making Nonito Donaire dance). В середине 5-го раунда Донэр сильным левым встречным хуком попал армянину в челюсть, и тот сразу же упал. Дарчинян впервые в своей карьере оказался на канвасе. Он попытался подняться, но его повело и он свалился на канаты. Нос Дарчиняна был разбит, а глаза выдавали его неадекватность. На ринг выбежал представитель угла армянина, желая остановить поединок. Рефери на секунду его опередил и сам остановил бой. Поединок получил статусы «апсет года» и «нокаут года» по версии журнала «Ринг».
В декабре 2007 года Нонито Донэр проводил 1-ю защиту титула WBC в найлегчайшем весе против против известного контендера мексиканца Луиса Мальдонадо. В бою Мальдонадо получил рассечение над правым глазом, которое к концу бою стало обильно кровоточить. В конце 7-го раунда Донэр провел двойку в голову противника. Мексиканца повело. Донэр бросился добивать и провел еще пару ударов, а потом пробил мощный левый крюк в голову. Мальдонадо упал. Он встал на счет 4. Сразу же после отчета нокдауна прозвучал гонг. В начале 8-го раунда Донэр зажал противника у канатов и обрушил на него град ударов. Мексиканец пропустив значительную их часть сумел выбраться из под обстрел. Однако в середине раунда Донэр вновь запер Мальдонадо, на этот раз в углу. Филиппинец провел ряд ударов. После мощного левого хука в челюсть рефери остановил бой, и зафиксировал технический нокаут.