О. Штафл родился в семье мастера по резьбе 30 декабря 1884 года. Любовь к рисованию у мальчика проявилась ещё в детстве.
С 1897 по 1903 год он обучался в гимназии своего родного города, однако образование в ней не закончил, и отправился в Прагу, чтобы изучать живопись. Был принят в художественную школу Фердинанда Энгельмюллера (). Первый художественный гонорар Отакар Штафл получил за свои акварельные работы, выставленные в пражском Рудольфинуме. С 1907 года занимается книжным иллюстрированием (первая его работа — книга Мушки «О старом Хрудиме»). Рисунки Штафла, посвящённые архитектурным достопримечательностям Праги, появляются в журналах «Чешский мир» («»), «Злата Прага» («Zlat? Praha») и некоторых других.
В 1910 году художник вступает в брак с Вацлавой Брыхтовой (V?clava Brychtov?). В начале 1910-х годов занимается графическими работами — иллюстрированием книг и созданием плакатов. На венской выставке «Экслибрис» в 1913 году работы Штафла в этом жанре были весьма высоко оценены. Художник добился большого успеха также в иллюстрировании литературы о природе и книг для детей и юношества.
В годы Первой мировой войны О. Штафл организует гуманитарные акции и сбор средств в пользу сирот и солдатских вдов. После войны был инициатором создания памятника Карелу Гавличеку и его музея. В 1917 году художник разводится с первой женой и в 1927 году женится на Власте Кошковой (), известной в то время писательнице, создательнице сказок и девичьих романов, альпинистке.
Художник погиб вместе с женой Властой 14 февраля 1945 года в своей мастерской, в пражском районе Винограды (), во время бомбардировки города американской авиацией (бомба попала в дом художника). При этом были утрачены и многие работы Штафла.
Наиболее весомую часть творческого наследия Штафла составляют его татранские пейзажи. В Татрах художник прожил значительную часть своей жизни. Пейзажи этого горного края Штафл пишет как акварелью, так и создаёт монументальные картины маслом. В 1928 году он оканчивает цикл из 120 акварелей, посвящённых Высоким Татрам. Две из них впоследствии были изображены на четырёх чехословацких почтовых марках:
Кроме видов Татр, мастер писал пейзажи и своего родного края — Высочины.