В 1082 году Вернер отрёкся от графства Габсбург в пользу своих сыновей Оттона II и Альбрехта II, разделивших графство между собой, а сам стал управлять аббатством в Мури.
Вероятно, именно Оттон стал первым из дома Габсбургов, который носил титул графа Габсбург, однако первым графом считается дед Оттона Радбот. Он также был ландграфом в Верхнем Эльзасе и губернатором Мури. В 1108 году он поддержал императора Священной Римской империи Генриха V в войне против Венгрии.
Оттон вернулся из похода в 1111 году, но был убит 8 ноября в Баденхайме неким дворянином, Хессо фон Юзенбергом. Он был похоронен в аббатстве Мури, как и другие его родственники. Его брат Альбрехт II в то время правил частью графства Габсбург, а территория, которой владел Оттон, перешла к его сыну Вернеру II.
Жена: Хильда, графиня Феррет.