Оттон был сыном Генриха XIII, и внуком герцога Оттона II. Благодаря его матери Елизавете фон Унгарн, он имел право на венгерский престол. По завещанию отца с 1290 года Оттон был единовластным герцогом Нижней Баварии, и даже его братья Стефан I и Людвиг III, которые были его соправителями с 1294 года, во всём подчинялись ему.
Одной из задач своей внешней политики Оттон видел присоединение Штирии. Он проводил анигабсбургскую политику, поэтому встал на сторону Адольфа Нассауского в борьбе против будущего германского короля Альбрехта I. В 1298 году Оттон принял участие в неудачной для него битве с Альбрехтом, но получил ранение, а Адольф погиб.
Став королём Альбрехт отнял у Оттона крепости, прежде подаренные Гогенштауфенами: Паркштайн и Вайден. В 1301 году Оттону была предложена корону Св. Иштвана, но он первоначально отказался из-за трудного внутреннего положения Венгрии. В это время он поддерживал принца Вацлава в борьбе против Альбрехта. В 1305 ему ещё раз предложили корону, новый германский король Вацлав III (бывший король Венгрии Ласло V) уступил ему своё право на венгерский престол. На пути из Праги в Венгрию лежала, принадлежащая Альбрехту, Австрия, поэтому Оттон, переодетый купцом 11 ноября 1305 года прибыл в Пешт. 6 декабря того же года был коронован в Секешфехерваре королем Венгрии и Хорватии под именем Бела V.
Вся политика Оттона терпела неудачу. В 1307 году он был арестован приверженцами претендета на венгерский престол Карла Роберта Анжуйского и был доставлен к нему. В октябре 1307 года он передал права на престол Карлу Роберту. Затем он немного задержался у своего двоюродного брата Генриха фон Глогау, обручившись с его дочерью Агнессой,. В феврале 1308 года он вернулся в Ландсхут, а 18 мая 1309 года женился на Агнессе.
Конфликт с Габсбургами, приведший в 1310 году к опустошению баварского города Бургхаузен, закончился 2 февраля 1311 года миром, подписанным в Зальцбурге. У Оттона начались большие финансовые трудности, в связи с чем он увеличил налоги. В разное время имел четырёх соправителей: Людвига II (1290 — 1296), Стефана I (1290 — 1309), Оттона IV (1309 — 1334), Генриха XIV (1309 — 1334).
Оттон умер 9 сентября 1312 года и был похоронен в главном монастыре Ландсхута.
Первым браком был женат Екатерине Габсбург, дочери германского короля Рудольфа I. От неё имел детей:
Второй раз женился на двоюродной племяннице Агнессе Глоговской. Имел детей: