21 декабря 2006, в день кончины президента Сапармурата Ниязова, он должен был, согласно конституции, взять правление страной на себя, став исполняющим обязанности президента. Однако против него было внезапно возбуждено уголовное дело, а исполнять обязанности президента стал вице-премьер Гурбангулы Бердымухамедов.
22 декабря 2006 Атаев был смещён с поста председателя Меджлиса в связи с возбуждением против него уголовного дела. Как сообщил генеральный прокурор Туркмении Мухамметгулы Огшуков, Атаев «злоупотреблял служебным положением и нарушал конституционные права граждан», а также, «имея личную межплеменную неприязнь, противился встречам и браку своего приёмного сына Максата Атаева и гражданки Гульсенем Оразсахедовой, которую фактически довёл до самоубийства» в июне 2006 года.