Сын эрцгерцога Карла-Фердинанда, брат эрцгерцогов Фридриха и Карла-Стефана, троюродный брат императора Франца-Иосифа I.
Военное образование получил в Терезианской академии (1885). В 1877 году зачислен в Тирольский пехотный полк в качестве лейтенанта, затем на службе в Генштабе и различных пехотных подразделениях австрийской армии. С 1894 года магистр Тевтонского рыцарского ордена. В 1911 году по состоянию здоровья оставил службу в армии.
Эрцгерцог Ойген был довольно популярен в обществе, но не при дворе. Он открыто выражал свои взгляды, не всегда совпадавшие с официальными. Эрцгерцог остро критиковал недостатки внутреннего устройства монархии Габсбургов, считая, что такое государство обречено на исчезновение как безнадёжный анахронизм. Однако такие «революционные заявления» не мешали принцу придерживаться консервативных взглядов.
После начала Первой мировой войны в декабре 1914 года назначен командующим австро-венгерскими войсками на Балканах. В мае 1915 года назначен командующим на Итальянском фронте. В 1916—1917 годах командовал войсковой группой в Тироле, потом опять вернулся на Итальянский фронт. Эрцгерцог Ойген военным талантом не отличался и практически всю работу за него проделывали штабные офицеры. За успешные действия австро-германских войск в 1917 году 11 ноября 1917 года награжден немецким орденом Pour le Merite.
В начале 1918 года был отстранен от командования. После окончания войны и распада Австро-Венгрии, жил в Вене. Но, отказавшись присягнуть на верность Австрийской республике, был вынужден обосноваться в Швейцарии. До 1923 года оставался магистром Тевтонского ордена. В 1934 году с установлением власти канцлера Э. Дольфуса, который был более благосклонен к Габсбургам, эрцгерцог вернулся на родину и поселился в Гумпольдскирхене. Последние годы жизни жил в Инсбруке.