В начале карьеры Пабло Себальос выступал за клуб «Соль де Америка», но известность он получил после подписания контракта с одним из грандов мексиканского футбола, «Крус Асулем», где на тот момент играли его соотечественники, Кристиан Риверос и Карлос Бонет.
После двух сезонов, проведённых в Мексике, Себальос вернулся на родину, в «Серро Портеньо». Спустя ещё год он перешёл в стан принципиального соперника своей прежней команды, клуб «Олимпию», с которой в конце года стал чемпионом Парагвая, причём это был первый титул чемпионов страны для «Олимпии» за 11 лет — с 2000 года.