Пабло Эрнандес — уроженец Кастельона, воспитанник местного футбольного клуба. Одарённого полузащитника взяли на заметку скауты «Валенсии» и в 2003 году Эрнандес стал игроком молодёжной команды «летучих мышей», в сезоне 2005/06 сыграл свой первый матч в основной команде клуба. Следующий сезон Эрнандес провёл в аренде в клубе Сегунды «Кадис», а по окончании его, в рамках сделки по приобретению «Валенсией» Алексиса, перешёл в «Хетафе»; по условиям договора «Валенсия» могла по окончании сезона вернуть игрока. Первоначально возвращать футболиста не планировалось, однако уверенная игра Эрнандеса, попавшего в поле зрения тренеров национальной сборной заставила руководство команды пересмотреть своё решение: в 2008 году Пабло Эрнандес вернулся в «Валенсию», заключив с клубом 6-летний контракт.
Пабло Эрнандес был в расширенном списке кандидатов в национальную сборную на чемпионат Европы 2008 года, но в итоге оказался в числе отсеянных. Следующий вызов в сборную полузащитник «Валенсии» получил перед Кубком конфедераций, когда тренерам национальной команды понадобился игрок, способный заменить травмированного Андреса Иньесту. 21 июня 2009 года Пабло Эрнандес дебютировал в сборной Испании, на 60-й минуте матча между сборными Испании и ЮАР, выйдя на поле вместо своего одноклубника Давида Вильи.
18 ноября 2009 года Пабло Эрнандес забил свой первый гол за сборную — на его счету один из мячей сборной Испании в товарищеском матче со сборной Австрии (матч закончился со счётом 5:1 в пользу испанцев).