Пабло Гарсия начал карьеру в «Монтевидео Уондерерс» в 1996 году. В 1998 году права на Гарсию перешли испанскому «Вальядолиду», однако он ни разу не сыграл за эту команду. Позже перешёл в мадридский «Атлетико» B, но заканчивал сезон в «Пеньяроле». Всего в 1998—2000 гг. провёл за «Атлетико Мадрид» B 38 матчей, и забил в них 3 гола.
В 2000 году перешёл в «Милан» и за 2 сезона всё же сыграл за основной состав итальянского суперклуба 11 матчей в Серии А. Кроме того, в 2002 году на правах аренды провёл 14 игр за «Венецию».
В 2002—2005 гг. стабильно и уверенно выступал за испанскую «Осасуну». Он прославился как довольно жёсткий футболист, часто получающий предупреждения. Так, в сезоне 2004/05 он заработал 17 жёлтых и 1 красную карточку. Как бы то ни было, его игра привлекла внимание мадридского «Реала». Он был куплен столичным клубом вместе со своим соотечественником Карлосом Диого. Из трёхлетнего контракта 2 последних сезона Гарсия провёл в аренде — сначала в Сельте, а затем в Мурсии.
В 2005 году принял участие в съёмках фильма Гол!, где сыграл роль самого себя (камео).
С 2008 года выступает в греческом ПАОКе.
С 1997 года выступал за основную сборную Уругвая. Провёл за «Селесте» 68 матчей и забил 3 гола. Он выступал на Кубке конфедераций 1997, Кубках Америки 1999 и 2007, а также в финальной стадии чемпионата мира 2002.
Пабло Гарсия занимает шестое место в истории сборной по количеству проведённых матчей за всю историю. Последний на данный момент матч за «Селесте» Гарсия провёл 17 октября 2007 года против Парагвая в Асунсьоне.