Предположительно между 1429 и 1438 годах в сане иеромонаха прибыл с Афона в Новгород. А в 1440 году переселился в Великое княжество Московское. Около двадцати лет провел в Троице-Сергиевой лавре, где работал над составлением житий и списыванием книг. Эти занятия принесли ему славу выдающегося стилиста, и около 1470 года он был вызван в Новгород архиепископом Ионой для составления житий новгородских святых. Большинство житий составлено Пахомием по заказу. Он довольно свободно относился к историческим фактам и ради «поучительности жития» не стеснялся собственными прибавлениями. Историческое значение большинства составленных им житий крайне незначительно.
Он хорошо владел стилем славянской богослужебной литературы. Работая над своими книгами, Пахомий не видел ничего предосудительного в заимствованиях из чужих произведений, в повторениях самого себя (особенно во вступлениях), в создании своих редакций — путем небольшой переработки текста, мозаичного соединения и просто дополнения предисловием и послесловием чужих произведений. Прозаические произведения Пахомия Логофета строятся обычно по четкой схеме: предисловие, основная часть, заключение. В предисловиях говорится о важности прославления праздников или святых.