Хуан Пантоха де ла Крус был уроженцем Испании, также как и его учитель художник Алонсо Санчес Коэльо. Он родился в Вальядолиде около 1553 г. и умер в Мадриде в октябре 1608 г.
Предположительно он прибыл в столицу в очень молодом возрасте и оказался в мастерской Санчеса Коэльо, с которым, как считают некоторые испанские исследователи, его могли связывать родственные узы. В период, пока Пантоха работал в мастерской своего учителя, он практически не подписывал свои работы, хотя некоторые анонимные произведения атрибутируются как принадлежащие его кисти. После смерти Санчеса Коэльо, придворного королевского художника, ситуация меняется и Пантоха становится независимым мастером.
Официальным живописцем двора Пантоха стал после вступления на трон Филиппа III в 1598 г., и с этого момента ведется детальная документация его произведений.
Характеризуя стиль его полотен, исследователи отмечают, что Пантоха достоверно писал одежду и драгоценности, вдаваясь в мелкие подробности и не избегая сухой объективности фламандской традиции. А его трактовка лиц, однако, ясно свидетельствует об изучении им венецианской портретной живописи, в особенности Тициана. Лучшими произведениями Пантохи считаются его портреты малолетних инфант, где жесткость изображения все же сочетается с заметным обаянием.
В своих портретах короля Филиппа II Пантоха отталкивался от концепции своего учителя, развивая при этом парадный портрет в сторону большей репрезентативности.
Творчество Пантохи — следующая ступень складывания общего типа т. н. «сословного портрета», т. н. «испанской формулы» портрета.
В последние несколько лет многие из его работ, также как и полотен Санчеса Коэльо, приписываются современными исследователями работавшей в те же годы при дворе итальянской художнице С.Ангиссоле. Тем не менее, сами эти картины не подписаны никем из художников собственноручно. Атрибуция этих портретов членов королевской семьи Санчесу Коэльо и Пантохе была проведена в 19 и 20 вв. как по стилю, так и согласно официальным платежным ведомостям двора.