Дважды Герой Социалистического Труда (1977, 1984).
Емельян Никонович родился 21 января 1940 года в селе Баштечки Жашковского района Черкасской области.
Возглавлял бригаду (звеньевой механизированного звена) по выращиванию сахарной свеклы колхоза имени Суворова.
Начиная с 1947 и по 1985 годы, в Жашковском районе Черкасской области сотрудники Научно-исследовательского института сахарной свеклы разрабатывали технологию выращивания этой культуры с минимальными затратами ручного труда. Хозяйство Парубка в селе Баштечки постановлением Совета министров СССР и Совета министров УССР было определено базовым полигоном всех этих новаций. Сначала разработанная технология называлась «жашковской», позже — «черкасской», а впоследствии — «всеукраинской».
В настоящее время — пенсионер и проживает в городе Киеве.
Член КПСС с 1966 года, член ЦК КПСС с 1986 года. Был делегатом съездов компартий Советского Союза и Украины.
Народный депутат СССР от КПСС в 1989—1991 годах. Народный депутат Украины 2, 3, 4 и 5 созывов. Участвовал в парламентских выборах Украины 2006 года по списку Коммунистической партии.