Родился 25 ноября 1957 года в Волгограде в семье старообрядцев-новозыбковцев, члены которой — известные во второй половине XX века древлеправославные священнослужители.
Брат его деда — владыка Аристарх (Калинин) был в течение многих лет секретарём Русской Древлеправославной Церкви, а с 1996 по 2000 гг. — Архиепископом, главой РДЦ, отец Аристарха — Архиепископ Иоанн (Калинин) — был главой РДЦ с 1944 по 1956 гг. Архиепископ Иоанн фактически восстановил беглопоповскую иерархию после потрясений 1930-40-х гг. Во время боев за Сталинград он чудом выжил, находясь в подвале собственного дома. С тех пор авторитет семьи Калининых среди беглопоповцев был чрезвычайно высок.
В 1977 году Авдей Калинин окончил Волгоградский техникум железнодорожного транспорта. После прохождения срочной воинской службы некоторое время являлся инженерно-техническим работником в Волгограде.
В 1980-1983 годах проходил обучение в Московской Духовной Семинарии. В 1986 году окончил Московскую Духовную Академию, получив степень кандидата богословия за диссертацию на тему «Святой митрополит Киприан. Жизнь и литературное творчество».
С 1 сентября 1983 года, в течение почти 13 лет, был личным секретарем Древлеправославного Архиепископа Геннадия (Антонова).
11 января 1987 был пострижен в иночество; 14 января 1987 г. рукоположён во иеродиакона, 19 января возведен в сан архидиакона, 6 декабря 1987 рукоположён в сан священноинока.
В октябре 1988 года по его инициативе в Русской Древлеправославной Церкви состоялась канонизация в лике святых мучеников протопопа Аввакума Петровича (+1682) и других представителей старообрядчества, пострадавших в XVII ст.
В 1990 году благодаря инициативе иеромонаха Александра (Калинина) в городе Новозыбкове было открыто Высшее Древлеправославное Духовное училище, которое он возглавил в должности ректора.
15 апреля 1992 года он был назначен игуменом Свято-Троицкого мужского общежительного монастыря, расположенного в поселке Каменка Злынковского района Брянской области. 21 сентября того же года игумен Александр был возведен в сан священноархимандрита.
В феврале 1996 года архиепископом Новозыбковским Аристархом (Калининым) и епископом Гомельским Варнавой (Едигаревым) был хиротонисан во епископа Брянско-Злынковского.
В июне 1996 года Собором епископов был назначен Помощником Древлеправославного Архиепископа Аристарха (Калинина) и переведён на Московскую архиерейскую кафедру.
На Освященном Соборе Русской Древлеправославной Церкви, проходившем 7-9 мая 2000 г., епископ Александр (Калинин) был избран Древлеправославным Архиепископом Новозыбковским, Московским и всея Руси. Торжества интронизации состоялись 9 мая 2000 года.
На Освященном Соборе Русской Древлеправославной Церкви, проходившем 16-19 августа 2000 г., было принято решение о переносе кафедры Предстоятеля из Новозыбкова в Москву. В связи с этим преобразованием был утвержден титул Предстоятеля — «Древлеправославный Архиепископ Московский и всея Руси».
На Освященном Соборе Русской Древлеправославной Церкви, проходившем 28 февраля — 3 марта 2002 г. был учрежден чин патриаршества, в связи с чем 3 марта 2002 года возведен в патриаршее достоинство с присвоением титула — «Святе?йший Древлеправосла?вный Патриа?рх Моско?вский и всея Руси?».
17-20 октября 2008 Патриарх возглавил официальный богословский диалог с представителями митрополии Месогеи и Лавреотики Истинно-Православной Церкви Греции, также известной как «кириковская ветвь матфеевской иерархии».