Занимал Московский Патриарший престол более 25 лет — дольше всех в истории Русской Церкви. Ни при жизни, ни по его смерти — до интронизации Алексия II — никогда не использовался номер при имени.
Был первенцем в семье Владимира Андреевича Симанского (1853-1929), у которого позже появились другие дети: Анна (1878), Андрей (1882), Филарет (1885), Александр (1887). В. А. Симанский служил в канцелярии московского генерал-губернатора, затем в Воспитательном доме; в 1891 году вышел в отставку, получив звание камергера и был пожизненно прикомандирован к Канцелярии Святейшего Синода. Оба родителя надолго уехали за границу. Сестра Анна Погожева (по мужу) в конце 1940-х стала монахинией (с именем Евфросиния) киевского Покровского монастыря.
Начальное образование получил дома. С 1888 до 1891 года обучался в Лазаревском институте восточных языков, состоявшем тогда из пятиклассной гимназии и специальных классов с трёхлетним сроком обучения арабскому, персидскому, турецкому языкам, а также истории, языкам и культуре стран Востока и Закавказья.
В 1891 году был переведён в аристократическое учебное заведение — Московский лицей Цесаревича Николая («Катковский»), директором которого в то время был известный монархист В. А. Грингмут. Обучение в этом заведении оказало значительное влияние на мировоззрение юноши, он сблизился с московским монархическим движением, а впоследствии, в 1908 году в Туле, был избран председателем губернского отдела Союза русского народа — крупнейшей монархической организации империи.
Окончив лицей в 1896 году, поступил на юридический факультет Императорского Московского университета, продолжая жить в лицее. Закончил полный курс в три года и получил учёную степень кандидата прав за своё сочинение Комбатанты и некомбатанты во время войны.
В 1899—1900 годах находился на военной службе в качестве вольноопределяющегося в 7-м гренадерском Самогитском полку. Вышел в запас в чине прапорщика.
В 1900 году поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1904 году со степенью кандидата богословия (тема кандидатской работы «Господствующие в современном нравственно-правовом сознании понятия перед судом митрополита Филарета»). Значительное влияние на него оказал тогдашний ректор академии епископ (затем митрополит) Арсений (Стадницкий); инспектором Академии был архимандрит Евдоким (Мещерский).
9 февраля 1902 года в Гефсиманском скиту Троице-Сергиевой Лавры пострижен в монашество епископом Арсением; 17 марта того же года рукоположён во иеродиакона, 21 декабря 1903 года — во иеромонаха.
В 1904—1906 годах — инспектор Псковской духовной семинарии, одновременно преподавал Священное писание Нового завета (в этот период владыка Арсений был псковским архиереем). В 1906 году стал архимандритом и ректором Тульской духовной семинарии.
С 6 октября 1911 года — ректор Новгородской духовной семинарии и, одновременно, настоятель монастыря св. Антония Римлянина (владыка Арсений к тому времени стал архиепископом Новгородским и перевод архимандрита Алексия был осуществлён по его инициативе).
28 марта (ст. ст.) 1913 года был высочайше (императором Николаем II) утверждён доклад святейшего синода о бытии архимандриту Алексию епископом Тихвинским, 2-м викарием Новгородской епархии (епархиальным архиереем был архиепископ Арсений (Стадницкий)). Наречение 27 апреля во Входиерусалимском соборе в Новгородском кремле и хиротонию 28 апреля 1913 года в Софийском соборе возглавил Патриарх Антиохийский Григорий IV (находился в России с визитом) в сослужении Арсения (Стадницкого) и других; присутствовал обер-прокурор В. К. Саблер. Указом святейшего синода от 27 мая 1913 года был утверждён в должности председателя Новгородского Епархиального Училищного Совета.
Согласно высочайшему повелению от 11 декабря 1916 года, с 8 января 1917 года, по хиротонии во епископа (2-го викария Новгородской епархии) Варсонофия (Лебедева), стал именоваться первым викарием.
После Октябрьской революции, в январе 1920 года вместе с митрополитом Арсением был арестован Новгородской ЧК, однако вскоре оба архиерея были освобождены. В ноябре 1920 года предстал перед судом по обвинению в самовольном освидетельствовании мощей святых накануне их вскрытия органами власти и был приговорён к условному сроку заключения.
21 февраля 1921 года Патриархом Тихоном, по просьбе митрополита Петроградского Вениамина (Казанского), был назначен епископом Ямбургским, первым викарием Петроградской епархии. Переехав в Петроград, жил в доме при Казанском соборе, затем в Александро-Невской лавре.
Несмотря на уговоры приехавшего в Петроград в апреле 1921 года бывшего епископа Пензенского Владимира (Путяты) покинуть Петроград и занять Пензенскую кафедру, успешно воспротивился переводу.
29 мая 1922 года, после ареста митрополита Вениамина (Казанского), вступил в управление епархией. Под сильным давлением власти снял отлучение с одного из лидеров обновленчества протоиерея Александра Введенского (решение об отлучении принял митрополит Вениамин), однако отказался подчиниться обновленческому Высшему Церковному Управлению митрополита Антонина (Грановского). Ввиду ультиматума последнего либо признать его власть, либо покинуть Петроград, 24 июня 1922 года сложил с себя обязанности временно управляющего епархией и вместе с другим петроградским викарием — епископом Петергофским Николаем (Ярушевичем) — учредил «петроградскую автокефалию», декларировавшую лояльность властям, но не присоединявшуюся ни к одному из движений. Согласно Питириму (Нечаеву), принятие Введенского в общение было совершено в обмен обещание сохранить жизнь митрополиту Вениамину.
В октябре 1922 года был арестован по обвинению в «контрреволюционной деятельности», осуждён и в конце того же года сослан на три года в город Каркаралинск (ныне в Карагандинской области), где имел возможность служить в городском храме; состоял в переписке с Патриархом Тихоном и митрополитом Сергием (Страгородским).
В марте 1926 года ему было позволено вернуться в Ленинград, где он продолжил борьбу с обновленчеством. В сентябре 1926 года Митрополит Сергий назначил его управляющим Новгородской епархией с титулом архиепископа Тихвинского, позже — Хутынского (епархиальный архиерей митрополит Арсений находился в ссылке в Средней Азии и не мог управлять епархией). Проживал в то время в квартире своего родителя на Большой Дворянской, на Петроградской стороне. Служил обычно в деревянном Троице-Петровском соборе на Петроградской стороне (снесён в 1936 году).
С 1927 года по 1935 год — член Временного Патриаршего Синода, созданного Заместителем Патриаршего местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским) (со дня учреждения Синода до его «самороспуска»). Поддерживал церковно-политический курс последнего. Одним из требований к митрополиту Сергию (Страгородскому), высказанных в письме духовенства и мирян Ленинграда, настроенных против «Декларации 1927 года», которое было вручено митрополиту Сергию 12 декабря 1927 года, было: «Пересмотреть состав Временного Патриаршего Синода и удалить из него пререкаемых лиц, в особенности митрополита Серафима Тверского (Александрова) и архиепископа Алексия (Симанского).»
С 19 мая 1932 года — митрополит Старорусский. В августе 1933 года назначен митрополитом Новгородским (после официального перевода владыки Арсения на Ташкентскую кафедру).
5 октября 1933 года, по уходе на покой митрополита Серафима (Чичагова) — митрополит Ленинградский. 29 октября прибыл в Ленинград; поселился в игуменских покоях Новодевичьего монастыря у Московской заставы; в 1937 год выселен оттуда и проживал на колокольне Князь-Владимирского собора; с 1940 года — хорах Николо-Морского собора, ставшего кафедральным, и где он с того времени обычно служил.
Во время войны, в период блокады Ленинграда оставался в городе, совершал литургии и молебны, проповедовал, ободрял и утешал верующих. В будние дни, часто без диакона, сам причащал и читал поминания. Постоянно обращался с патриотическими посланиями к своей пастве.
4 сентября 1943 года был вместе с митрополитами Сергием (Страгородским) и Николаем (Ярушевичем) на встрече со Сталиным в Кремле. Результатом встречи стало указание Сталина о избрании Патриарха и дозволении открытия церковных учебных заведений; партийным куратором церковной политики стал В. М. Молотов, непосредственным её проводником — полковник госбезопасности Г. Г. Карпов, возглавивший Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР.
8 сентября 1943 года участвовал в соборе епископов, избравшем на Патриарший Престол митрополита Сергия. Был постоянным членом образованного при Патриархе Сергии Священного Синода.
Патриарх Сергий (Страгородский) скончался 15 мая 1944 года. По его завещанию, составленному ещё в октябре 1941 года, Местоблюстителем стал Преосвященный Алексий.
В своём письме 19 мая 1944 года Председателю Совета Народных Комиссаров, Маршалу Советского Союза И. В. Сталину, Местоблюститель писал:
Отчётливо сергианская позиция была выражена и в Первом послании Патриаршего Местоблюстителя к Православной Русской Церкви от 28 мая:
2 февраля 1945 года митрополит Алексий был избран Патриархом Московским и всея Руси на первом Поместном соборе Патриаршей Церкви (не обновленцев) после 1918 года.
10 апреля 1945 года состоялась встреча Патриарха со Сталиным, в которой с церковной стороны участвовали также м-т Николай (Ярушевич) и протопресвитер Николай Колчицкий, управляющий делами Московской Патриархии; правительство, кроме Сталина, представлял В. М. Молотов.
Сталин обрисовал иерархам своё видение того вклада, который предстояло внести Московской Патриархии в дело укрепления международных позиций СССР, нацелил их на занятие лидирующей роли во вселенском православии, приобретение нужных контактов, политическую нейтрализацию антисоветски настроенной русской эмиграции. Обсуждались также перспективы расширения сети духовных школ и создание церковной издательской и полиграфической базы.
С 27 мая 1945 года по 26 июня 1945 года Патриарх Алексий совершал первое в истории московских первосвятителей паломничество в Святую землю, нанеся визиты восточным патриархам. В ходе путешествия преследовалась политическая цель вовлечь неславянские православные Церкви в орбиту Московского Патриархата, что удалось в некоторой степени в отношении Антиохийского Патриарха Александра III.
22 октября 1945 года состоялось оформление передачи Сербскою Церковью Мукачевско-Пряшевской епархии в каноническое ведение Московского Патриархата.
Весной 1946 года Патриарх прикрыл своим именем одно из неоднозначных событий в истории русского православия: по секретному решению правительства СССР Украинская грекокатолическая церковь (так называемая «униатская») на территории СССР была упразднена, а её паства и духовенство (за исключением заранее арестованных епископов) «воссоединены» с РПЦ, которая получала в «бесплатное пользование» все униатские храмы Западной Украины. Все мероприятия «по отрыву приходов греко-католической (униатской) церкви в СССР от Ватикана и последующему присоединению их к Русской православной церкви» были разработаны органами госбезопасности и Советом по делам РПЦ в марте 1945 года и одобрены лично Сталиным.
С открытия на Пасху 1946 года Троице-Сергиевой лавры — ее священноархимандрит. Заботами Патриарха Алексия лавра в короткий срок стала духовным центром русского Православия.
При вручении ему 23 августа 1946 года председателем Президиума Верховного Совета СССР Николаем Шверником первого государственного ордена Трудового Красного Знамени сказал: «позвольте мне, глубокоуважаемый Николай Михайлович, в Вашем лице благодарить Верховный Совет нашего Союза и Правительство во главе с нашим великим вождём Иосифом Виссарионовичем Сталиным за высокое внимание ко мне, выразившееся в пожаловании мне ордена Трудового Красного Знамени. <…>»
Весной 1947 года Патриарх просил Совет по делам РПЦ ходатайствовать перед правительством о передаче Патриархии и епархиям некоторых из изъятых ранее мощей, что частично было удовлетворено правительством (в частности в Богоявленский собор в Москве были переданы мощи святителя Алексия), несмотря на отрициательную позицию Совета в данном вопросе.
В июле 1948 года в Москве торжественно отмечалось 500-летие автокефалии Русской Церкви. К юбилею было приурочено Совещание Глав и Представителей поместных Православных Церквей (первоначально мероприятие задумывалось руководством СССР как вселенский собор для «для решения вопроса о присвоении Московской Патриархии титула Вселенской»), которое осудило экуменическое движение и унию как орудие экспансии папизма. На Совещание, однако, не прибыли предстоятели Восточных греческих патриархатов.
С середины 1948 года политика государства к Церкви и религии значительно ужесточилась. Начинаются репрессии против отдельных активных епископов, становится неприкрытым активное вмешательство Совета в кадровую политику Патриархии.
В 1952 году, к 75-летию Патриарха, правительство предоставило Московской Патриархии территорию бывшей усадьбы Колычевых-Боде Лукино (Переделкино). Там была устроена подмосковная патриаршая резиденция.
7 июля 1954 года было принято постановление ЦК КПСС «О крупных недостатках в научно-атеистической пропаганде и мерах ее улучшения», которое призывало партийные организации к активной борьбе с «религиозными предрассудками и суевериями», к разоблачению «реакционной сущности и вреда религии». 10 ноября того же года последовало постановление ЦК КПСС «Об ошибках в проведении научно-атеистической пропаганды среди населения», которое ознаменовало временную приостановку активного наступления на религию.
Из записи беседы Карпова с Патриархом 17 апреля 1956 год видно, что при том, что Патриарх прислушивался к рекомендациям Совета, в кадровых вопросах он не был механическим исполнителем указаний Карпова; так, в ответ на рекомендацию последнего не назначать митрополита Нестора (Анисимова), в связи со смертью Одесского архиепископа Никона (Петина), на Одесскую кафедру и предложение назначить туда Бориса (Вика), Патриарх,
17 мая 1958 года Патриарх, вместе с митрополитом Николаем (Ярушевичем