Родился 31 мая 1641 года близ Коринфа в семье Нотара возводившей свою родословную к Константинопольским Нотара. Патриарх Иерусалимский Паисий, также уроженец Пелопоннеса, был другом родителей Досифея и предложил устроить ему образование в Константинополе.
Учителем его стал философ Иоанн Кариофил, который, несмотря на приверженность к некоторым еретическим воззрениям, образовал немало ведущих греческих богословов своего времени. В Константинополе Досифей освоил латынь и итальянский, турецкий и арабский языки.
Патриарх Паисий взял его к себе в услужение и молодой Досифей сопровождал патриарха в качестве секретаря во время поездки на Кавказ, присутствовал при смерти патриарха на острове Кастелоризо в 1660 году.
Наследник Паисия на патриаршем престоле, Нектарий, вскоре назначил Досифея своим представителем в Молдавии, что было ответственной должностью, так как Патриархат владел там обширными имениями.
В 1668 году был возведён в сан митрополита Кесарии Палестинской.
В 1669 году, когда патриарх Нектарий отрёкся от престола и удалился на покой, на его место был избран Досифей: 23 января 1669 года, 27-летний Досифей взошёл на престол Святоградской Церкви.
Будучи Иерусалимским Патриархом, проживал значительную часть времени в Константинополе.
На протяжении своего предстоятельства Досифей прилагал усилия для распространения православного просвещения, основывая и поддерживая школы и типографии: в 1680 году он на средства Патриархата основал типографию в Яссах в Молдавии которая сделалась ведущим центром книгопечатания в православном мире.
По просьбе Патриарха Московского Иоакима, Досифей отправил в Москву учёных братьев Лихудов усилиями которых в 1685 году была создана Славяно-греко-латинская академия — первое русское высшее учебное заведение.
Трудами патриарха Досифея было издано огромное количество святоотеческих писаний и работ позднейших богословов, таких как его предшественник Нектарий. Благодаря своевременному опубликованию, многое удалось спасти от утраты.
Добившийся столь многого за свой 39-летний срок предстоятельства в Иерусалимской Церкви, патриарх Досифей II почил 7 февраля 1707 года.
Из своих собственных работ три трактата с опровержениями латинства — Томос Каталлагис, Томос Агапис и Томос Харас — были опубликованы прижизненно.
Его главное произведение — История Иерусалимских Патриархов — вышло в 1715 году в Бухаресте, под редакцией его племянника и наследника Хрисанфа. Сочинение — исследование всего исторического пути Православной Церкви и ставит патриарха Досифея в ряд виднейших церковных историков.
Чувствуя необходимость точного изложения веры и не удовлетворившись Православным Исповеданием Петра Могилы, к изданию которого в 1699 году он написал пространное предисловие, в 1672 году обратился к Патриарху Константинопольскому Дионисию IV за окружным посланием которое могло бы служить точным изложением веры. Патриарх Дионисий составил послание, которое было зачитано и принято на поместном Иерусалимском (Вифлеемском) Соборе 1672 года; позже было издано в Яссах. Текст послания, известный как Исповедание Досифея (полное греческое название: греч. ?? ????????? ??? ????????? ??????? ??? ????????? ????????? ?????????) или, в совокупности с другими документами, Послание патриархов восточно-кафолической Церкви о православной вере, приобрёл большое значение в православном мире и до сих пор считается одним из символических текстов Православной Церкви. Исповедание пункт за пунктом опровергает кальвинистское по духу скандальное Исповедание Патриарха Кирилла Лукариса, изданное в Женеве в 1629 году.
Во время патриаршества Досифея борьба с латинянами за контроль над Иерусалимскими святынями разгорелась с новой силой. Патриарху путём создания нового органа управления делами Патриархата — «Совета Старейшин» — удалось поправить финансовое положение и оплатить долги, начать восстановление Вифлеемского храма, но конфликтному вопросу о Святой земле не суждено было утихнуть.
В российской историографии Досифей имеет репутацию сторонника России, информатора и советника московского правительства, царей.
В июле 1669 года дал своё согласие на повторный брак царя Алексея Михайловича с Натальей Нарышкиной. Выступал последовательным сторонником примирения царя с опальным Патриархом Никоном, а позднее за его разрешение — вопреки воле Патриарха Иоакима.
Был советником посланника в Константинополе П. А. Толстого по всем вопросам дипломатических сношений с Портой; руководил сетью источников информации в различных местах Оттоманской империи. Тем не менее, никогда не посещал Москву лично.
До самого конца, вопреки уговорам и обещаниям мзды со стороны Московского правительства, был противником переподчинения Киевской митрополии Московскому Патриахату, что было осуществлено в 1685—1686 годах, считая такое переподчинение противным канонам и усматривая в таком стремлении Московского правительства и патриарха «самолюбие церковников», то есть Патриарха Иоакима, отношения с которым после 1686 года у него окончательно испортились
Был защитником православия от инославных и иноверных нападок и влияний, боролся с унией в Трансильвании и заботился о восстановлении церквей в Грузии.