Родился 25 ноября 1954 года в деревне Кастели на острове Крит.
Начальное образование получил в родной деревне. Окончил духовное училище в Афинах и богословский факультет Фессалоникийского университета со степенью магистра богословия. Изучал историю искусств, литературу и философию в СССР (Одесский университет).
В 1973 году принял монашеский постриг в монастыре Анкарат.
В 1975—1985 архидьякон и канцлер Ламбисской митрополии на Крите, много занимался благотворительностью. В 1985—1990 был экзархом Александрийского патриархата в Русской православной церкви (подворье в Одессе) при патриархах Николае VI и Парфении III. С 1990 был представителем Александрийской Православной Церкви в Афинах, сопровождал Парфения III в миссионерских поездках по Африке и в зарубежных визитах.
После кончины Парфения III в 1997 году патриархом стал Пётр VII (Папапетру). Он назначил опытного Феодора патриаршим викарием (фактически основным консультантом и помощником), а затем сделал его епископом (митрополитом Камеруна). Феодор способствовал строительству в Камеруне церквей, школ и больниц, эту деятельность он продолжил в Зимбабве, где он учредил несколько миссионерских школ, большую больницу и курсы медсестёр в соседнем Малави и центр греческой культуры; активную деятельность он развернул также в Мозамбике, Ботсване и Анголе.
В сентябре 2004 года Пётр и ряд высших епископов Александрийской Православной Церкви погибли в катастрофе вертолёта над Эгейским морем. Синод избрал 9 октября митрополита Феодора на патриарший престол; в воскресенье 24 октября 2004 года он был интронизован и коронован в Успенском соборе в Александрии.
В начале октября 2007 года совершил официальный визит в Московский Патриархат.
Феодор II, единственным из предстоятелей других церквей в патриаршем сане, участвовал в интронизации московского патриарха Кирилла в Храме Христа Спасителя, 1 февраля 2009 года.