Никифор родился в Константинополе в семье императорского секретаря. Его отец пострадал за иконопочитание при императоре Константине Копрониме и умер в изгнании в Никее. Никифор был сановником при дворе императрицы Ирины (797—802) и участвовал в работе созванного ею Седьмого Вселенского собора. Позднее он удалился в монастырь, но постриг принял не сразу, а позднее, когда в 806 году, после смерти патриарха Тарасия, был возведен на патриарший престол. Никифор был ревностным защитником иконопочитания и с воцарением императора-иконоборца Льва Армянина (813—820) в 815 году был сослан в монастырь святого Феодора на берегу Босфора, где скончался в 828 году.
В 847 году были обретены мощи патриарха Никифора, которые по преданию оказались нетленными. Их перенесли из Проконниса в Константинополь и положили на один день в храме святой Софии, а затем перенесли в храм святых Апостолов. В настоящее время рука святителя хранится в Хилендарском монастыре на Афоне.