Родился в Стамбуле в феврале 1915 года.
Учился в духовной семинарии в Халки. В 1938 году был рукоположён во диакона и в 1940 году — в пресвитера. В 1945 году становится архимандритом. Он служил настоятелем церкви Св. Николая и глава церкви святых Константина и Елены в Каире. В 1953 году он стал патриаршим эпитропом в Касабланке. В 1958 году он отправился в Аддис-Абебу, где он служил до 25 января 1959, когда он был хиротонисан во епископа Иринопольского (Восточная Африка).
10 мая 1968 года был избран Патриархим Александрийском и всея Африки.
Занимался реорганизацией управления патриархии и улучшением инфраструктуры учебных заведений и благотворительных учреждений. Заложил и построил новое здание монастыря святого Саввы и освятил его соборный храм. Он отремонтировал здание богословской школы, расширил фонды библиотеки и музея школы.
Патриарх Николай VI активно занимался миссионерской деятельностью. Он основал митрополии Зимбабве и мыса Доброй Надежды. Ездил с пастырскими визитами по всей Африке. При нём три представителя коренных народов Африки были рукоположены? в епископов: епископы Нилопольский Христофор, Навкратиадский Феодор и Нитрийский Георгий.
Владел греческим, турецким, французским, английским, суахили и арабским языками.
Умер 9 июля 1986 в Москве, куда он прибыл с официальным визитом. Тело было передано и похоронили в монастыре святого Георгия в Каире.