Был митрополитом Назарета с именем Прохор. После ухода на покой прежнего Патриарха Александрийского Паисия, он был избран Патриархом и получил имя Пафений.
Бо?льшую часть своего Патриаршества провёл вне Египта, собирая средства для своей Церкви. Он побывал в Молдавии и Валахии. В 1682 году он по просьбе царя Феодора Алексеевича дал согласие на прощение Патриарха Никона.
Погиб во время 30 июня 1688 в Смирне во время сильного землетрясения, будучи погребённым под развалинами дома.