В детстве Пауль отдавал предпочтение бейсболу. Футболом он увлёкся с 12 лет. В 16 оказался в детской школе «Пачуки». В 2005 году с этим же клубом он подписал свой первый профессиональный контракт, а 6 августа 2006 года дебютировал в основной команде в матче с «Крус Асуль».
В составе «Пачуки» становился чемпионом Мексики в 2007 году и трижды (в 2007, 2008, 2009 годах) выигрывал Южноамериканский кубок.
Первый матч в составе сборной Мексики провёл 30 сентября 2009 года, сыграв в матче с командой Колумбии и в этой же игре открыл счёт своим голам за национальную сборную.
В 2010 году тренер мексиканцев Хавьер Агирре включил Агилара в заявку на чемпионат мира. Пауль провёл на мундиале одну игру, сыграв в матче открытия с командой ЮАР.
«Пачука»