Начинал карьеру в Австрии, в клубах «Аустрия» (Вена) и «СВ Казино». В 2004 году перешёл в норвежский «Бранн». В 2005 году признан одним из лучших игроков чемпионата Норвегии, после чего подписал контракт на 3,5 года с «Уиган Атлетик».
В своем первом матче за «Уиган» (в Кубке лиги против «Арсенала») Шарнер забил победный гол. Австрийский футболист стал первым игроком «Уигана», сыгравшим 100 матчей в Премьер-лиге. По окончании сезона 2009/10 Шарнер стал свободным агентом и в августе 2010 года присоединился к клубу «Вест Бромвич Альбион».
Шарнер выступал за юношеские и молодёжную сборную Австрии. За первую сборную играет с 2002 года.