Родился на хуторе Полуботовка (ныне часть пгт Шрамковка, Драбовского района, Черкасской области Украины). Был одним из богатейших людей на Украине.
Стал «наказным гетманом» в 1722 году.
После смерти Скоропадского началась упорная борьба старшины во главе с Полуботком за защиту автономии Украины. В мае 1723 Полуботок был вызван в Петербург, где он подал челобитную Петру I об отмене новых стеснительных порядков, чем очень разгневал царя, который велел Полуботока с товарищами посадить в Петропавловскую крепость. Имущество Полуботока было конфисковано.
Умер в заключении в декабре 1724 года.
В украинской историографии с именем Полуботка связано немало мифов.
В частности, «История русов» приводит довольно подробные обличительные речи Полуботка, якобы произнесённые в заключении; в частности, перед смертью гетман сказал: «Я вражды к тебе никогда не имел и не имею, и с тем умираю, как христианин. Верю несомненно, что за невинное страдание моё и моих ближних, будем судиться от общего и нелицемерного Судии нашего, Всемогущего Бога, и скоро пред Ним оба предстанем, и Пётр с Павлом там рассудятся» (хотя непонятно, кто из палачей мог их записать и как они оттуда попали к автору данного памфлета полвека спустя).
Ещё один распространённый миф — про «клад Полуботка», то есть золотой запас казацкой старшины, будто бы переданный на хранение в Банк Ост-Индской компании (Великобритания) и не возвращённый. Попытки вернуть это золото предпринимались достаточно долго, в том числе и в годы Советской власти, однако в связи с отсутствием надёжных доказательств банк всякий раз отказывал в подобных претензиях.