С января 2010 тренирует юношескую команду «Нева-Зенит» 1997 г.р. Также является тренером вратарей команды «Нева-Зенит». В настоящий момент выступает за команду ветеранов "Атон"
Воспитанник ДЮСШ «Смена» (Санкт-Петербург).
В 16 лет Павла Дьяконова взяли в дубль «Зенита», где он пробыл три месяца. Его заметили тренеры «Кировца», выступавшего во второй низшей лиге чемпионата СССР. В своём дебютном сезоне-1991 сыграл 11 матчей.
Первой командой, в которой Павел пробыл длительное время, был читинский «Локомотив». Клуб из Читы был занят поиском вратаря. Работавший в «Зените» Лев Дмитриевич Бурчалкин рекомендовал главному тренеру читинских железнодорожников Александру Ковалёву Дьяконова. Павел прилетел в Читу и отправился на сбор в Китай.
Игрой за читинский «Локомотив» Дьяконов заработал репутацию надёжного вратаря. Его пригласили в «Зенит». Но, не найдя общего языка с тренером вратарей Сергеем Приходько, Павел вернулся в Читу. Его три раза признавали лучшим футболистом Забайкалья.
В 2000 году Дьяконов женился и в 2001 году перешёл в тульский «Арсенал», чтобы быть ближе к семье. Отыграл за клуб из Тулы один год, а затем вернулся в Санкт-Петербург, перейдя в «Динамо». Сначала был дублёром македонского вратаря Саши Илича, а с приходом на должность главного тренера Валерия Гладилина стал основным вратарём «Динамо».
После расформирования «Динамо» в 2004 году желание видеть Павла в своих рядах изъявили «Уралан» и «Терек». В клубе из Грозного предлагали приехать на просмотр, а калмыцкая команда сразу предложила готовый контракт. Поэтому Дьяконов выбрал «Уралан». Но вскоре клуб из Элисты развалился. Тем не менее, у Павла остались хорошие впечатления о совместной работе с главным тренером Леонидом Слуцким.
Дьяконов перешёл в «Томь». В её составе провёл гостевой матч премьер-лиги против московского «Локомотива». «Томь» проиграла со счётом 0:2.
Затем Павел выступал за «Факел». После Воронежа Александр Ковалёв, знавший Дьяконова по совместной работе в читинском «Локомотиве», пригласил его в иркутскую «Звезду». Но у Павла не сложились отношения с главным тренером Фаилем Миргалимовым, и вторую половину сезона-2007 он провёл в команде второй лиги «Динамо» (Санкт-Петербург).
В 2008 году вернулся в Воронеж. Сергей Савченков позвал его в команду «Динамо-Воронеж». В 2009 году выступал за «Сахалин» (Южно-Сахалинск).