В 1907 году поступил в епархиальную семинария Прешовской епархии Словацкой грекокатолической церкви. В 1911 году рукоположён в священники.
В 1922 году вступил в базилианский монастырь в Мукачеве, приняв монашеское имя Павел. В 1926 году Апостольский Престол назначает его Апостольским администратором Прешовской епархии. В 1927 году в базилике св. Климента в Риме рукоположён в епископа.
После распада Чехословакии во время II мировой войны и образования независимой Словакии, Гойдич защищал права русинского национального меньшинства, которое подвергалось насильственной словакизации.
В 1946 году Гойдич назначен Святым Престолом епископом всех грекокатоликов Чехословакии.
В 1950 году чехословацкая коммунистическая власть решила ликвидировать Словацкую грекокатолическую церковь, пытаясь заставить церковную иерархию, по примеру подобного процесса ликвидации Украинской грекокатолической церкви, перейти в подчинение Православной церкви.
28 июня 1950 году епископ Гойдич был арестован. От него требовали, чтобы он отдал ключи от кафедрального собора для передачи православным. В январе 1951 году начался судебный процесс, в конце которого он был признан виновным по сфабрикованным обвинениям. 17 июля 1960 года он умер в леопольдовской тюрьме.
Был беатифицирован 4 ноября 2001 года папой Иоанном Павлом II вместе со священником из монашеской конгрегации редемптористов Мефодием Домиником Трчкой.
День памяти блаженного Павла Петера Гойдича — 17 июля.