Родился в городе Кальсада-де-Калатрава (провинция Сьюдад Реаль, Кастилия — Ла-Манча). В 8 лет переехал вместе с семьёй в Эстремадуру, где посещал сначала салезианскую, а потом францисканскую школы.
В 16 лет, один, без семьи и денег, переехал в Мадрид. Сменив множество мест работы, на 12 лет осел в компании «Телефоника». В это же время стал членом театральной группы «Los Goliardos». Играл маленькие роли в профессиональном театре, где познакомился с Кармен Маурой. Вместе с МакНамарой организует музыкальную группу в стиле пародийный панк-глэм-рок. Пишет рассказы, которые периодически публикуются в коллективных сборниках («Сон разума»).
В 1980 году снял свой первый полнометражный фильм «Пепи, Люси, Бом и остальные девушки». Началом этому проекту послужила фотоновелла Альмодовара «Частые эрекции» («Erecciones generales»), созданная по заказу журнала «El V?bora». Фильм снимался больше года, только по выходным. Деньги, в сумме пол-миллиона песет, нашли Феликс Ротатета, ещё один участник группы «Los Goliardos», и Кармен Маура, оборудование одалживалось. Тем не менее, нехватка средств обернулась свободой действий. Фильм сразу же стал культовым в независимых кругах и среди посетителей сети кинотеатров Альфавиль, где он шёл на ночных сеансах в течение 4 лет.
Первый крупный успех пришёл к Альмодовару после фильма «За что мне это?». Вот так отзывалась об этой картине газета «Нью-Йорк Таймс»: «Замечательная чёрная комедия. Просто маленький шедевр».
В 1985 году вместе со своим братом, Агустином Альмодоваром, создал продюсерскую компанию «El Deseo», которая начала свою деятельность с выпуска в 1986 году фильма Педро Альмодовара «Закон желания». Позже «El Deseo» выпустила проекты таких режиссёров, как Алекс де ла Иглесия, Гильермо дель Торо, Даниэль Кальпарсоро, Моника Лагуна, Изабель Койшет, а также дуэта, состоящего из Дуньи Аясо и Феликса Сабросо.
Мировое признание Альмодовару принесла картина «Женщины на грани нервного срыва». Она получила около пятидесяти национальных премий, первый Европейский приз «Феликс» и номинировалась на «Оскар».
В 1999 году Альмодовар снял фильм «Всё о моей матери», который получил десятки национальных премий и премию «Оскар» за лучший иностранный фильм. Казалось, что превзойти этот успех невозможно, однако следующая картина режиссёра, «Поговори с ней» (снятая в 2002 году), приносит ему сотни наград по всему миру, в том числе и «Оскара» за лучший сценарий.
Триумфу Альмодовара сопутствует обострение отношений с киноакадемией Испании, которая не выдвинула «Поговори с ней» на соискание Оскара в номинации «Лучший иностранный фильм». В 2005 году, когда следующий фильм Альмодовара, «Дурное воспитание», не получил ни одной премии «Гойя», он вместе с братом объявляет о выходе из состава академии, объяснив это несогласием с системой голосования, не позволяющей победить в номинации при небольшом количестве голосов «за».
В 2011 году, в рамках конкурсной программы 64-го Каннского кинофестиваля состоялась премьера фильма «Кожа, в которой я живу», режиссёром которого является Альмодовар. Он снят по роману французского писателя Тьерри Жонке «Тарантул» (фр. Mygale).
В своём творчестве, по технике и эстетике близком работам другого испанского режиссёра Элоя де ла Иглесиа, Альмодовар культивирует натурализм, направленный на уничтожение обычной для испанского кинематографа буржуазности. Часто в его фильмах представлена жизнь маргиналов; они наполнены скандальными и провокативными элементами. В них есть и коррумпированные полицейские, и наркоманы, и не по возрасту развитые дети, и философствующая деревенщина. Частые герои его фильмов — гомосексуалы и трансвеститы. И хотя режиссёр не скрывает, что сам является геем, он, по собственному признанию, часто обижается, когда на его фильмы навешивают ярлык «гейского кино». По его словам гомосексуальная чувственность его картин не делает их «гейскими», в своих фильмах он описывает универсальные чувства, которые могут испытывать люди любой сексуальной ориентации.
Педро Альмодовар получил множество различных кинопремий, здесь перечислены самые престижные из них.
Два «Оскара»:
Две премии Каннского кинофестиваля:
«Премия «Феликс» («Еврооскар»)»:
Два «Золотых глобуса»:
Четыре премии «Гойя»: