Родителями Педро были аристократ Антонио Арбуэс и его жена — Санция Руис. Педро изучал философию, возможно, в Уэске. Затем он изучал право и теологию в испанском колледже святого Климента в Болонье, где его образованность и набожность ставились в пример другим ученикам. Там же Арбуэс преподавал нравственную философию.
В 1474 году Арбуэс был избран каноником Сарагосы. Вернувшись в Испанию, он поступил в Августинский орден и получил звание священника. Его проповеди имели большой успех, а заботы его о бедных расположили к нему народ. В 1484 году Арбуэс был вместе с доминиканцем Каспаром Угларом назначен Торквемадой инквизитором Арагона.
На этом кровавом поприще он с жестоким фанатизмом предал сожжению целые массы евреев и мавров. Против него составился заговор с целью умертвить как его самого, так и всех членов инквизиции. Нанятые для выполнения этого замысла убийцы ночью 1485 года напали на Арбуэса и нанесли ему смертельные раны в то время, когда он на коленях перед алтарём читал молитвы.
Католическая церковь торжественно признала его мучеником. Папа Александр VII в 1661 году признал его праведником, а Пий IX в 1867 году причислил к лику святых. Знаменитый живописец Каульбах в одной из своих картин изобразил Арбуэса, приговаривающего к смерти еретиков.