Образование Педро де ла Гаска получил в университетах Саламанка и Алькала. После обучения стал юристом и получил сан священника, по свидетельству современников обладал высоким интеллектом, благодаря которому он достаточно быстро занял высокое положение в обществе.
В 1522 году он поступил на службу в армию. В 1542 году от имени короля Карла V Габсбурга успешно провёл переговоры с папой и английским королём Генрихом VIII.
После того как Гонсало Писарро вместе с недовольными новыми законами конкистадорами поднял в Перу восстание против испанского вице-короля Бласко Нуньес Вела. В результате восстания вице-король потерпел поражение и был убит в сражении, а Гонсало Писарро стал полновластным хозяином Перу. Король Испании не имел достаточно войск в Америке, чтобы противостоять Гонсало Писарро, поэтому в Америку был послан Педро де ла Гаска славившийся искусством дипломатии. Король назначил де ла Гаску главой Аудиенции выдав ему неограниченные полномочия и поручил уладить дела в колонии, установить мир и восстановить полноту власти испанской короны на новых землях в Перу.
Из Испании Педро де ла Гаска отплыл в мае 1546 года, без войск и какого-либо особого сопровождения, его сопровождали лишь двое монахов доминиканцев и несколько слуг.
Прибыв в Панаму де ла Гаска заявил что призван установить мир, но если потребуется то король в след за ним готов выcлать флот из 40 кораблей с 15000-м войском. Флот и некоторая часть войск Писарро находилась в Панаме, дипломатический дар Педро ле ла Гаски позволил склонить некоторых офицеров верных Писарро на сторону посланника короля.
Однако сам Гонсало Писарро отказался подчинится вновь прибывшему посланнику короля, и покинутый большей частью своих сторонников он бежал в Куско где у него всё ещё оставались верные ему войска.
Педро де ла Гаска высадился в Тумбес на побережье Перу и провозгласил что он посланник мира и действует от имени короля призывая всех верных короне присоединиться к нему. Также он пообещал амнистию многим дезертирам и повстанцам воевавшим против первого вице-короля Перу Бласко Нуньеса Велы и пообещал награду тем кто возьмёт оружие в защиту короны. Главным его действием было это отмена законов которые защищали права коренного населения Перу и из-за которых многие испанские переселенцы были недовольны и воевали на стороне Писарро.
Благодаря этим действия Педро де ла Гаске удалось собрать достаточно представительную армию, которая непосредственно под его командованием была направлена на взятие Куско. Встретившись с войсками Писарро, де ла Гаска вступил в переговоры больше рассчитывая на свои дипломатические умения чем на военные. В результате ему удалось переманить на свою сторону всех основных старших офицеров Писарро вместе с их подчинёнными, вместе с Писарро остался только его давний сторонник Франсиско де Карбахал. В результате сражения Писарро и Карбахал были захвачены в плен и казнены как и некоторые их соратники, но большинство мятежников были им прощены и отпущены.
После подавления мятежа, Педро де ла Гаска провёл ряд административных реформ, реорганизовал судебную и налоговую системы. Несмотря на предыдущий конфликт он всё же решился выпустить несколько инструкций защищавших коренное население. По мнению историков он действовал тактично и разумно, но непоколебим в своей цели восстановлении власти испанской короны.
В декабре 1549 года де ла Гаска сдал свои полномочия Антонио де Мендосе и 27 января 1550 года отбыл в Испанию.
По прибытии был назначен королём епископом Паленсии. В 1561 году король Филипп II назначил его епископом Сигуэнсы.
Вместе с рядом других учёных Педро де ле Гаска совершил открытия в экономической теории, среди них: