Имя при рождении - Педру ди Алкантара Жуан Карлуш Леополду Салвадор Бибиану Франсишку Шавьер ди Паула Леокадиу Мигел Габриэл Рафаэл Гонзага ди Браганса и Аустрия (Pedro de Alc?ntara Juan Carlos Leopoldo Salvador Bibiano Francisco Javier de Paula Leoc?dio Miguel Gabriel Rafael Gonzaga de Braganza y Austria). Педру вступил на престол после отречения своего отца, Педру I, когда ему было всего шесть лет. Парламент установил регентство, продолжавшееся до 1840 г. По характеру Педру был человеком кротким. Получил прекрасное образование (его первым опекуном был великий бразильский дипломат, учёный, философ и поэт Жозе Бонифасиу ди Андрада и Силва).
В 1843 он женился на Терезе Кристине, принцессе Обеих Сицилий (1822—1889), дочери Франциска I. У них родились две дочери и два сына:
Длительное правление Педру II сопровождалось чредой ожесточенных и очень тяжелых войн. Особенно трудной оказалась Парагвайская война, начавшая в 1865 году. В это время и сам император, и все его подданные остро ощутили отсталость и слабость Бразилии. Бразильской армии не хватало денег, оружия, амуниции, почти все свободное население было призвано в армию. Для всех передовых людей стало очевидно, что рабство совершенно изжило себя.
Сам Педру, человек либеральных взглядов и добрый от природы, вероятно, испытывал чувство стыда оттого, что в его государстве всё ещё идёт торговля людьми. Он сочувствовал идее аболиционизма, но не решался радикальными мерами восстановить против себя рабовладельцев. Между тем, в среде офицеров-республиканцев сложился заговор с целью установить в Бразилии республику и отменить рабство.
В 1888 г. в отсутствие императора, который находился на лечении в Европе, его дочь-регент подписала закон об отмене рабства. Но это уже не спасло монархию. 15 ноября 1889 года республиканцы начали восстание в Рио-де-Жанейро и объявили о низложении Педру. В этой революции участвовало очень небольшое количество лиц, однако они действовали очень решительно. 16 ноября Педру II отрёкся от престола, а на другой день отплыл в Португалию.
5 декабря 1891 г. Педру скончался в Париже. В 1939 г. останки императора и его жены были перезахоронены в Бразилии.
Император являлся Великим магистром бразильских орденов:
Был награждён большим количеством наград разных стран: