В 1668 году Педру был назначен регентом при своем слабом старшем брате Афонсу VI. После его смерти в 1683 году стал королём. В феврале 1668 года он закончил выгодным миром двадцатисемилетнюю войну с Испанией. Последняя признала независимость Португалии. В 1669 году Голландия признала Бразилию португальской колонией. Вскоре там были открыты Гераэзские золотые копи, принесшие Педро огромные богатства. В последующие годы Педро постепенно укреплял свою власть и все реже созывал кортесы.
В 1668 году он взял в жены Марию Франциску Савойскую-Немурскую (1646—1683), супругу брата, с которой тот развелся в 1666 году. У них родилась одна дочь:
Второй раз Педру женился в 1687 году на Марии Софии Небург (1666—1699), дочери курфюрста Филиппа Вильгельма Пфальц-Нейбургского.
Дети:
У него было также трое внебрачных детей: Луиза, Мигель и Жозе, от трех разных женщин.
Педру II умер 9 декабря 1706 года, ему наследовал сын Жуан V.