Родом из семьи чиновника, Боннар сначала изучал юриспруденцию в Сорбонне, а затем учился в Академии Жюлиана в Париже, затем в Школе изящных искусств, где в 1888 г. образовалась группа «Наби», в которую вошли Рансон, Дени, Серюзье, Вюйар, Руссель, а позднее к ним присоединился Валлотон. Под влиянием Гогена и искусства японской гравюры художники локализовали цвет, делали свою живопись более плоскостной. Однако самое сильное влияние японской гравюры видно в работах именно Боннара, которого даже называли «японствующим Наби».
Пьер Боннар был хорошо знаком с Амбруазом Волларом и запечатлел его на нескольких своих портретах. Боннар выставлял свои работы на «Салоне независимых» и познакомился с Тулуз-Лотреком. В 1905 г. вместе с Эдуаром Вюйаром отправился в поездку по Испании, за которой последовали путешествия в Бельгию, Голландию, Англию, Италию, Алжир, Тунис и южную Францию. В 1925 г. Боннар приобрёл дом на Лазурном берегу, в Ле Канне.
Последний проводник эстетики импрессионизма, как его называли, Пьер Боннар критиковал импрессионистов за недоработанность композиции и натуралистичность цвета. Художник мягких, приглушённых тонов и отношений, Боннар одним из первых открыл внутреннюю или даже интимную жизнь женщины. Он писал интерьеры, средиземноморские и парижские пейзажи, бытовые сценки. Под конец жизни Боннар обратился к насыщенным цветовым сочетаниям, создавая изысканные красочные композиции.
Иллюстрировал книги Октава Мирбо, «Естественные истории» Ренара.