Родители — родом из Пруссии. Отец — Эрих Клоссовски, художник, искусствовед; мать — Элизабет Доротея Спиро, художница-еврейка из Бреслау (Вроцлава), среди друзей известная как Баладина. В 1960—1970-х годах снялся в нескольких фильмах, в том числе — в ленте Брессона «Наудачу, Бальтазар» (1966).
В сборнике «Сад, мой ближний» (1947) Клоссовский развивает идею «интегрального атеизма», знаменующего собой конец антропоморфного разума. «Интегральный атеизм» утверждает, что вместе с «абсолютным гарантом» принципа идентичности (тео- или антропоцентризмом) исчезает сам этот принцип, а также моральные и физические обоснования ответственности индивидуального «Я». Основным мотивом деятельности субъекта является «желание», которое, в отличие от «сексуальности», остается неизменным на всей протяженности развития психосоматической конституции индивида.
Переводил Вергилия, Светония, Гёльдерлина, Ницше, Кафку, Пауля Клее, Вальтера Беньямина, Шелера, Витгенштейна, Хайдеггера. Новаторский перевод Вергилия, вызвавший полемику со стороны профессиональных филологов-антиковедов, привлек внимание Мишеля Фуко, Мишеля Деги, Антуана Бермана.
Национальная литературная премия (1981).