Сын губернатора двух провинций страны, убитого в период волнений в 1972. Был преподавателем университета. После убийства Мельхиора Ндадайе, первого президента-хуту, вступил в НКОБ. С 1998 — заместитель генерального секретаря партии, с 2001 — председатель. С конца 2003 — министр по делам улучшения администрации в правительстве Домисьена Ндайизейе. После победы своей партии на парламентских выборах в 2005 выдвинут кандидатом в президенты; не имея соперников, избран парламентом на пятилетний срок. В следующий раз будут проводиться прямые президентские выборы.
Выборы проходят 28 июня 2010, однако Нкурунзиза остался на них единственным кандидатом после того, как кандидаты от оппозиции отказались участвовать в выборах после нарушений на местных выборах 24 мая. На выборах Нкурунзиза получил поддержку 91,62 % избирателей при явке избирателей в 76,98 %.