Пьер Обер изучал юриспруденцию в Университете Невшателя и закончил его со степенью бакалавра. В 1951—1952 гг. учился в течение двух семестров в Гейдельбергском университете. В 1952—1977 годах занимался адвокатской практикой, специализируясь в уголовном праве. С 1971 по 1977 год был председателем совета Университета Невшателя.
Его политическая карьера началась в 1960 году с избрания в городской совет Ла-Шо-де-Фона, где он проработал до 1968 года. Через год Обер был избран в Большой совет (кантональный парламент) Невшателя (до 1975) и возглавлял его в 1969—1970 гг. С 1971 по 1977 год избирался членом Совета кантонов швейцарского парламента. С 1974 по 1977 год представлял Швейцарию в Парламентской Ассамблее Совета Европы и был членом Комитета по политическим вопросам ПАСЕ. 7 декабря 1977 года избран в Федеральный совет Швейцарии.
В качестве главы политического департамента Пьер Обер проводил активную внешнюю политику. Он стал первым западным лидером, установившим отношения с Организацией освобождения Палестины и встретившимся с Фаруком Каддуми в июле 1980 года в Берне. Он выступал за вступление Швейцарии в ООН, однако на референдуме в июле 1986 года большинство населения высказалось против.
Обер является кавалером ордена Почётного легиона и удостоен Большого креста за заслуги перед Итальянской Республикой.