Получив высшее образование как лингвист (1892) и юрист (1894), работал архивистом в Париже. Выучив армянский язык, в 1900 году совершил этнографическую поездку в Туркменистан. По возвращении в Париж преподавал на музыкальном факультете Высшей школы социальных наук и в (парижской) «Schola cantorum». Совместно с Ж. Комбарье и Р. Ролланом основал журнал «Revue d'histoire et de critique musicales» (1901). Критики приписывают Обри опору на большое количество нотных первоисточников в своих работах, ощущение связи мелодии и поэзии, умение ярко описать данную эпоху и её искусство.
Пьер Обри имел широкий круг интересов: изучал ранние образцы инструментальной музыки, мотеты 13 века, искусство трубадуров и труверов, проблемы ритма в литургической поэзии и церковной музыке, также старинную французскую музыку (творчество Адама Сен-Викторского, героические песни). Применял принципы модальной расшифровки старинной нотации, основываясь на теории Франко Кёльнского, которые оспаривались некоторыми его современниками (в том числе Гуго Риманом). Обри интересовался армянской церковной музыкой, изучал музыкальный быт таджиков.
Считая себя первооткрывателем теории ритмических модусов, вызвал на дуэль другого музыковеда, претендовавшего на первенство (Ж.Бека), но погиб ещё до поединка от укола рапирой во время неудачной тренировки.