Пьер Прюдон родился 4 апреля 1758 года в небольшом городке Клюни (южная Бургундия, Франция) и был девятым сыном в семье резчика по камню. Позже он взял более аристократический псевдоним Пьер-Поль Прюдон.
В 1773 году приехал в Дижон, где поступил в Художественную школу, возглавляемую Франсуа Девожем, который познакомил его с творчеством художника Жана-Батиста Грёза и скульптора Эдме Бушардона. Оба мастера сыграли определенную роль в формировании молодого художника.
В 1780—1783 продолжил обучение в Париже, в Королевской академии живописи и скульптуры.
В 1784 году он получил Римскую премию (Prix de Rome). Лауреат премии получал возможность отправиться на учёбу в Рим за счёт патрона премии. Прюдон путешествовал по Аппенинскому полуострову более четырёх лет — в 1784—1789 годах. Значительное впечатление на художника произвели работы Леонардо да Винчи и Антонио да Корреджо.
По возвращении Прюдон поселился в Париже, зарабатывая на жизнь рисунками и миниатюрами. Свой первый серьёзный заказ он получил в 1798 году — роспись потолка во дворце Сен-Клу (Saint-Cloud).
После прихода к власти Наполеона много работает при новом дворе, ему покровительствует императрица Жозефина. Впрочем, и вторая жена Наполеона Мария-Луиза Австрийская заказывала картины у Прюдона.
Наиболее значительные произведения художника относятся к концу XVIII — началу XIX века. В основном это картины на мифологические и аллегорические сюжеты, а также работы назидательного характера. В творчестве Прюдона черты позднего классицизма сочетаются с грацией и мягкостью. Вместе с тем в ряде произведений он предвосхищает настроения, свойственные искусству романтизма.
Прюдон также разрабатывал мебель и интерьеры в стиле классицизма.