Пьер-Самуэль Дюпон родился в семье парижского часовщика-гугенота Самуэль Дюпона; мать происходила из обедневшего бургундского дворянского рода. Из-за конфликтов с отцом, желавшим, чтобы сын продолжил семейную традицию и стал ремесленником, рано покинул родительский дом. В 1766 году женился на дворянке Николь-Шарлотт ле Ди де Ренкур, имел двух сыновей-предпринимателей — Виктора-Мари (1767—1827) и Элетера-Ирене (1771—1834, учредитель корпорации DuPont в 1802).
В молодости Дюпон, искавший покровительства в среде придворных, сумел приобрести расположение Франсуа Кёнэ, личного врача маркизы де Помпадур и известного экономиста-либерала. Ранние экономические опусы самого Дюпона, написанные под влиянием Кёнэ, имели успех и привлекли внимание Вольтера и Тюрго. В 1767 выпустил зрелый труд «О возникновении и развитии новой науки» — наиболее полное и систематическое изложение учения физиократов, в том же году приступил к редактуре журнала «Eph?m?rides du citoyen» и двухтомника избранных работ Кёнэ. «Физиократия» Дюпона, пропагандировавшая низкие налоги и снятие таможенных барьеров (см. Либерализм), непосредственно повлияла на взгляды Адама Смита.
В начале Великой французской революции Дюпон поддержал её и был избран в национальное Учредительное собрание, предшествовавшее Конвенту. Чтобы отличаться от депутатов-однофамильцев, Дюпон принял вторую фамилию, Немур (Nemours) по имени избравшей его коммуны. К 1792 году взгляды Дюпона оказались на правом, консервативном, фланге политических сил. Во время восстания 10 августа он вместе с сыном Элетером-Ирене лично защищал Тюильри и королевскую семью от революционной толпы, а в конце якобинского правления был осужден на смерть как «враг отечества». От гильотины его спас Термидорианский переворот.
Во время переворота 18 фрюктидора (4 сентября) 1797 дом Дюпонов был осаждён толпой; вновь избежав смерти, Дюпон вместе со всей семьёй бежал в США. Он достаточно быстро вошёл в круг американских политиков, примкнув к сторонникам Томаса Джефферсона. В 1802—1803, во время президентства Джефферсона, Дюпон был одним из организаторов покупки Луизианы у французского государства.