Пер Зеттерберг начал играть за молодёжный состав клуба «Фалкенбергс» из его родного города, куда пришёл в 8 лет. Когда Пёру было 16, его заметил бельгийский клуб «Андерлехт», куда он перешёл в 1986 году, в основе же Пер дебютировал на три года позже. Всю профессиональную карьеру Зеттерберг провёл за «Андерлехт», исключая 5 лет в «Шарлеруа» и «Олимпиакосе», став символом клуба. Зеттерберг был популярен и своим джентельменским поведением на поле, несколько раз выигрывая приз фэйр-плей и получив за карьеру только 3 жёлтые карточки. Он дважды становился лучшим футболистом в Бельгии и один раз лучшим футболистом Швеции.
За сборную Швеции провёл 30 матчей, но в 1999 году отказался от международных выступлений из-за конфликта с тренерским штабом и собственного диабета, а, когда он захотел вернуться в команду для выступления на Евро 2000, получил отказ.