Боннатерре занимал должность аббата в провинции Руэрг (современный Аверон) и изучал естественную историю в её столице — Родезе. Известен, прежде всего, как один из основных авторов Encyclop?die m?thodique par ordre des mati?res и фундаментального многотомника «Энциклопедическая и методическая картина трёх царств природы» (фр. Tableau encyclop?dique et m?thodique des trois r?gnes de la nature; 1788—1797), в котором Боннатерре принадлежит бо?льшая часть разделов (млекопитающие, рыбы, рептилии, насекомые и др.). Был первым исследователем случая Виктора из Аверона — «дикого мальчика», на протяжении первых 10—12 лет своей жизни жившего в лесу, вдали от людей.