Перец Маркиш родился в местечке Полонное на Волыни. Уже с трёх лет начал учиться в хедере. Имея отличный слух и звонкий голос, десятилетний Перец пел в синагогальном хоре. Юному Перецу приходилось много работать, переезжая по разным городам юга России. Стихи стал писать рано, причём юношеские стихотворения написаны по-русски.
После призыва на военную службу Маркиш попал на фронт разразившейся мировой войны. Рядовой царской армии Маркиш был ранен и Февральскую революцию встретил в госпитале. Революция повлияла на творчество молодого поэта, он пишет и впервые публикует свои стихи на еврейском языке. В Киеве Маркиш знакомится с талантливыми молодыми еврейскими поэтами — Давидом Гофштейном, Львом Квитко, Ошером Шварцманом. В 1918 году Перец Маркиш пишет поэму «Волынь», которая вместе со сборником стихов «Пороги» выдвинула его в первый ряд еврейских писателей. С 1921 по 1926 годы по польскому паспорту Маркиш живёт вдали от России — в Варшаве, Берлине, Париже, Лондоне, Риме, где много пишет и публикуется. Участник группы «Халястра».
В 1926 году поэт вернулся в Россию, где полностью расцвёл его талант. Все события того времени — коллективизация, приход к власти в Германии нацистов, война в Испании оказали сильнейшее влияние на творчество поэта. Участник Евсекции СП СССР. В годы Великой Отечественной войны Маркиш пишет десятки стихотворений, наполняя их ненавистью к врагу, верой в победу. В послевоенные годы с новой силой проявляется лирический талант поэта, в последних своих стихах он особенно гуманистичен, жизнелюбив, по-юношески задорен. Для Госета написал пьесы «Пир», «Семья Овадис», «Кол нидре».
Маркиш входил в руководство Союза писателей СССР, был избран руководителем Еврейской секции Союза писателей, в 1939 году был награжден Орденом Ленина; с 1942 года состоял в ВКП(б).
В ночь с 27 на 28 января 1949 года он был арестован как член президиума Еврейского Антифашистского комитета. После пыток, истязаний и тайного суда 12 августа 1952 года он был расстрелян.
Автор книг «Брат», «Война», «Чертополох», «Из века в век», «Михоэлс» (монография).