Дебютировал в ноябре 1984 года.
В феврале 1989 года Уитакер победил чемпиона мира в легком весе по версии IBF Грега Хогена.
В апреле 1989 года он защитил титул, победив непобежденного Луи Ломели.
В августе 1989 года состоялся реванш между Уитакером и Хосе Луисом Рамиресом. На этот раз бой проходил в США. Уитакер имел большое преимущество. Работая 2-м номером, он держал противника на дистанции. Точность ударов американца значительно превосходила аналогичный показатель мексиканца. Уитакер победил с разгромным счетом.
В феврале 1990 года состоялся объединительным бой в легком весе между чемпионом IBF Пернеллом Уитакером и чемпионом WBC Фреди Пенделтоном. Уитакер победил по очкам и унифицировал титулы.
В мае 1990 года Уитакер победил Азуму Нельсона.
В августе 1990 года состоялся бой за звание абсолютного чемпиона в легком весе между Пернеллом Уитакером и Хуаном Назарио. Не обладающий сильным ударом, Уитакер нокаутировал противника в 1-м раунде.
В феврале 1991 года Уитакер вышел на ринг против Энтони Джонса. Чемпион намного превзошёл противника в точности ударов. По итогам 12-ти раундов судьи отдали победу Уитакеру с разгромным счётом.
В июле 1991 года он победил непобежденного Поликарпо Диаса.
В октябре 1991 года Уитакер победил Хорхе Паеса. После этого он поднялся в 1-й полусредний вес.
В июле 1992 года Уитакер победил чемпиона мира в 1-м полусреднем весе по версии IBF Рафаэля Пинеду. После этого Уитакер поднялся в полусредний вес.
В марте 1993 года Пернелл Уитакер победил чемпиона мира в полусреднем весе по версии WBC Бадди Макгирта.
В сентябре 1993 года Пернелл Уитакер встретился с поднявшимся в полусредний весе непобежденным чемпионом в 1-м полусреднем весе по версии WBC Хулио Сезаром Чавесом. Уитакер доминировал в бою за счет скорости. Чавес никак не мог в него попасть. Тем не менее судьи большинством голосов объявили ничью. Решение было скандальным.
В марте 1994 года Уитакер победил Сантоса Кардону.
В октябре 1994 года он вновь победил Бадди Макгирта.
В марте 1995 года Уитакер победил Хулио Сезара Васкеса.
В августе 1995 года он победил Гэри Джейкобса.
В ноябре 1995 года Уитакер нокаутировал Джейка Родригеса.
В апреле 1996 года Уитакер встретился с непобежденным пуэрториканцем Вилфредо Риверой. Раздельным решением судей победителем был объявлен чемпион.
В сентябре 1996 года Уитакер встретился во 2-й раз с Вилфредо Риверой. На этот раз Уитакер победил единогласным решением судей.
В январе 1997 года Уитакер встретился с непобежденным кубинцем Диосбелис Уртадо. В начале 1-го раунда Уртадо в 1-й же атаке пробил правый хук в голову, после чего Уитакер оказался на полу. Американец сразу же поднялся. Во время отсчёта нокдауна американец засмеялся. Кубинец действовал много двигался по рингу и работал 2-м номером. В конце 5-го раунда Уртадо пробил несколько ударов по спине наклонившегося соперника. Рефери оштрафовал кубинца на одно очко. В середине 6-го раунде Уртадо провёл двойку в голову американца. Удары не были сильными, но неудачно стоявший Уитакер не удержался, и опустился на колено. Рефери отсчитал нокдаун. Американец не согласился с рефери. В середине 11-го раунда Уитакер у канатов пробил левый хук в голову. Уртадо пошатнулся. Американц выбросил ещё девять подряд точных левых крюков в голову. Претендент безжизненно повис между канатом. Рефери, поздно вмешавшись, прекратил бой. Избитый кубинец приходил в себя несколько минут.
В марте 1997 года состоялся между бой Пернеллом Уитакером и непобеждённым чемпионом в 3-х весовых категориях Оскаром Де Ла Хойей. В течение боя Де Ла Хойя несколько раз менял стойку с правшы на левшу. В конце 3-го раунда Уитакер во время атаки головой ударил противника в лоб. Де Ла Хойя прижался к канатам, а затем упал на канвас. Рефери Миллс Лейн не счёл это нокдауном. Он приостановил поединок и снял с Уитакер одно очко за удар головой. В конце 9-го раунда Уитакер выбросил встречный левый хук в голову противника. Удар прошёлся вскольз, но Де Ла Хойя, не удержался и упал на колено. Рефери отсчитал нокдаун. Де Ла Хойя не согласился с решением Лейна. Комментатор HBO Ларри Мерчант счёл, что Де Ла Хойя не удержал баланс. По окончании поединка судьи единогласно отдали победу Де Ла Хойе. Уитакер был удивлён вердиктом. Решение было спорным.
В октябре 1997 года Уитакер встретился в элиминаторе с Андреем Пестряевым. Уитакер победил, однако позже был пойман на допинге. Результат боя поменяли на "несостоявшийся".
В феврале 1999 года Уитакер встретился с непобежденным пуэрториканцем Феликсом Тринидадом. Тринидад уверенно победил по очкам.
В апреле 2001 года Уитакер встретился с малоизвестным Карлосом Бохоркуесом. Уитакер проиграл техническим нокаутом в 4-м раунде. После этого он ушёл из бокса.