Перо Стояновский окончил электротехнический факультет Университета Св. Кирилла и Мефодия в Скопье.
После окончания университета Стояновский работал преподавателем информатики и математики, менеджером в нескольких IT-компаниях в Скопье.
С 2006 по 2008 год был статс-секретарём в Министерсте образования и науки Македонии.
С июля 2008 по июль 2009 года занимал пост министра образования и науки Республики Македония в правительстве Николы Груевского