Мушарраф родился в Дели, в семье клерка министерства иностранных дел и был вторым из трёх сыновей. В 1947 году вместе с семьей переехал в Карачи (Пакистан). В младенчестве жил в Турции, поскольку его отец служил там дипломатом. В Пакистане он учился в христианских школах, а затем получил военное образование в Военной Академии.
Впоследствии, после окончания Военной академии, участвовал в двух войнах против Индии.
Первез Мушарраф занимал различные должности в вооружённых силах Пакистана, влючая командующего пехотной дивизией (1991) и командующего элитного 1-го корпуса (1995). Являлся заместителем начальника секретариата министерства обороны Пакистана, с 1993 по 1995 год занимал пост генерального директора управления общевойсковых операций главного командования вооружённых сил.
7 октября 1998 года произведён в полные генералы и назначен начальником штаба сухопутных войск Пакистана.
По мнению некоторых индийских аналитиков, конфликт в Каргиле был разработан Мушаррафом, как репетиция пакистанского стратегического плана полномасштабной войны с Индией. Согласно некоторым источникам, Шариф якобы не знал об участии регулярных частей в конфликте, и Мушарраф сообщил об этом премьеру лишь после того, как Индия сумела дать мощный отпор боевикам. Поражение пакистанцев в Каргильском конфликте оказалось кровопролитным и усугубило враждебность между генералом и премьер-министром.
В условии конфронтации с Первезом Мушаррафом Шариф заподозрил, что Мушарраф планирует захватить власть, и решил нанести удар первым. 11 октября 1999 года, когда Мушарраф возвращался из зарубежной поездки, премьер объявил об отставке командующего и запретил его самолету садиться в Пакистане. Реакция военных оказалась быстрой — руководство вооружённых сил выступило против премьер-министра. Узнав о решении премьер-министра, генерал Мушарраф прервал свой визит в Шри-Ланку и вернулся домой. Самолёт с генералом благополучно приземлился в аэропорту Карачи, где его встречала большая группа единомышленников, и 12 октября 1999 года Мушарраф возглавил бескровный переворот против правительства Шарифа. В течение нескольких часов армейские подразделения взяли под контроль основные правительственные здания, телевидение и аэропорты в ведущих городах страны. Под домашним арестом оказались премьер-министр и назначенный им накануне на место Мушаррафа генерал Зия Уддин, а также министр иностранных дел Пакистана Сартадж Азиз и министр информации Мушахид Хуссейн. Вскоре Первез Мушарраф возглавил страну.
Мушарраф стал именоваться «главой исполнительной власти». В стране было введено чрезвычайное положение, военные приостановили действие конституции и работу законодательных органов власти, центральное и региональные правительства были распущены. После переворота был учрежден новый государственный орган — Национальный совет безопасности, призванный консультировать главу исполнительной власти (с 2001 года — президента) по вопросам исламской идеологии, национальной безопасности и других важнейших составляющих национальной политики.
Новый военный правитель обещал покончить с коррупцией, а в международных делах начать переговоры с Индией по вопросу о Кашмире и с Афганистаном по вопросу о терроризме. Верховный суд Пакистана постановил, что генералу Мушаррафу предоставляется срок до октября 2002, чтобы вернуть страну к демократическому правлению.
20 июня 2001 П. Мушарраф стал президентом Пакистана, сменив на этом посту Рафика Тарара и получив согласие на приведение его к присяге со стороны главного судьи Верховного суда Иршад Хасан-Хана. При этом Мушарраф сохранил за собой посты главы исполнительной власти и вооруженных сил. В октябре 2002 Мушарраф обещал провести новые парламентские выборы, чтобы после этого обратиться к парламенту с просьбой выбрать его президентом на пятилетний срок. Провозглашение Мушаррафа президентом Пакистана вызвало протест лидера Пакистанской народной партии Беназир Бхутто, обвинившей генерала в нарушении конституции. В 2004 премьер-министром стал Шаукат Азиз.
За период с 2003 по 2005 пережил три попытки покушения на его жизнь. Ещё 14 покушений, по данным пакистанских спецслужб, были предотвращены. Самыми громкими стали покушения 14 декабря и 25 декабря 2003.
14 декабря 2003 кортеж президента проезжал по мосту в окрестностях города Равалпинди. Под мостом было заложено пять взрывных устройств, но благодаря специальной аппаратуре, подавляющей радиосигналы, они сработали уже после того, как кортеж пересёк мост.
25 декабря 2003 президентский кортеж, проезжавший в Равалпинди, был атакован двумя грузовиками, начинёнными взрывчаткой. Автомобиль смертника вначале задавил насмерть полицейского констебля, а затем сумел задеть автомашину кортежа президента, в которой ехал шеф армейской разведки Пакистана генерал-лейтенант Надим Тадж. Вторая автомашина, управляемая другим террористом, также взорвалась, но кортеж Мушаррафа не пострадал. Погибло 14 случайных прохожих, ещё сорок человек получили ранения. Следствие по этому делу шло в условиях глубокой секретности. Точное число арестованных официально не объявлено до сих пор. Сначала президент обвинил в покушении международную террористическую организацию «Аль-Каида», но в ходе расследования пакистанские власти установили, что эти покушения организовали две независимые группы, в которые входили армейские офицеры низшего звена и исламские экстремисты. Людей, задержанных в рамках расследования дела о двух покушениях, судили два разных военных трибунала. Организаторы покушений были осенью 2005 года приговорены к смертной казни через повешение и пожизненному заключению.
В результате несогласованности действий законодательной, юридической и административной ветвей власти, и, в первую очередь, в результате приобретших открытый характер противоречий между П. Мушаррафом и главным судьей Верховного суда Ифтикхаром Мохаммедом Чоудхури П. Мушарраф столкнулся с различными препятствиями в вопросах предвыборного ценза и легитимности своего переизбрания на пост президента, и Верховный суд медлил с принятием решения по этому делу.
28 сентября Верховный суд Пакистана разрешил Первезу Мушаррафу участвовать в президентских выборах, одновременно оставаясь главнокомандующим армией. За то, чтобы допустить Мушаррафа к выборам, проголосовали шесть из девяти верховных судей, остальные трое высказались против. Тем самым Верховный суд отклонил иск оппозиционных партий, которые настаивали на том, что, согласно конституции, кандидатом в президенты может быть только гражданское лицо, и требовали снять Мушаррафа с выборов, если он не откажется от поста главнокомандующего.
6 октября 2007 года состоялись президентские выборы, победу на которых одержал действующий глава государства генерал Первез Мушарраф. Верховный суд, однако, отказался подтвердить законность его избрания, пока он не уволится с армейской службы в запас.
5 ноября суд планировал рассмотреть вопрос о легитимности избрания Первеза Мушараффа на очередной президентский срок в октябре 2007 года. По мнению его противников, президент нарушил закон, сохранив за собой пост командующего армией: согласно конституции, главой государства может быть только гражданское лицо. Обстановку в Пакистане осложняло не только политическое противостояние между президентом и оппозицией, но и продолжающиеся теракты, организованные исламистами.
3 ноября президент Пакистана Первез Мушарраф ввел в стране чрезвычайное положение. Действие конституции было приостановлено, в крупных городах было прекращено вещание частных телевизионных каналов, в столице также отключили телефонную сеть. Семь из семнадцати членов Верховного суда немедленно признали указ президента незаконным и были задержаны. Военные заблокировали подходы к основным правительственным объектам. В обращении к нации Мушарраф объяснил свое решение угрозой, которую создавали для страны исламские экстремисты. Кроме того, он сослался на враждебную деятельность судебных властей, парализовавшую работу правительства. Ситуацию усугубляли и сообщения о задержаниях руководителей и активистов пакистанских оппозиционных сил. Бхутто начала кампанию против Мушаррафа, требуя отмены чрезвычайного положения. Вскоре лидер оппозиции оказалась под домашним арестом, а запланированный её сторонниками «долгий марш» в Исламабад был запрещён.
Мушарраф в соответствии с указом о введении временной Конституции уволил Ифтикхара Мохаммеда Чоудхури с поста главного судьи Верховного суда, назначив его преемника. 22 ноября новый состав Верховного суда, состоящий из лояльных Мушаррафу судей, согласился признать его президентом. Верховный суд во главе с новым главным судьей ускорил рассмотрение дела по вопросу переизбрания действующего президента страны П. Мушаррафа. По решению Верховного суда пакистанская избирательная комиссия 24 ноября проинформировала переходное правительство о победе П. Мушаррафа на прошедших президентских выборах. После этого Мушарраф пообещал уйти с поста командующего национальной армии и править страной как гражданское лицо.
28 ноября 2007 года Мушарраф покинул пост начальника штаба сухопутных войск Пакистана, а 29 ноября принял присягу в качестве гражданского главы государства. В ходе инаугурации Мушарраф поклялся соблюдать конституцию страны, а также охранять и защищать свой народ. И назвал своё вступление на пост гражданского президента «важным шагом на пути к установлению демократии в стране». В то же время он заявил, что не поддастся давлению Запада в отношении отмены режима чрезвычайного положения. «Нам нужна демократия, нам нужны права человека, нам нужна стабильность, но мы придем к этому своим путем», — отметил Мушарраф. Следующим шагом должны были стать всеобщие выборы и формирование нового правительства.
18 августа 2008 добровольно ушёл в отставку с поста президента Пакистана в связи с угрозой процедуры импичмента, которая была назначена на этот день. На его решение уйти в отставку под гарантии собственной безопасности также повлияли позиции стран Запада (включая США), которые отказали ему в своей поддержке, и позиция пакистанской армии, которая отказалась предпринимать какие-либо действия по защите президента в случае объявления ему импичмента.
12 февраля 2011 года пакистанский суд выдал ордер на арест Мушаррафа по делу об убийстве Бхутто. Проживающий в Великобритании экс-лидер сообщил через представителя, что не вернётся на родину.
Мушарраф увлекается спортом, в свободное время играет в сквош, бадминтон и гольф. Занимается греблей на каноэ, любит водные виды спорта, карточные игры. Одно из увлечений Мушаррафа — военная история. Как сообщалось в прессе, его любимый кинофильм — «Гладиатор», который повествует о древнеримском полководце, ведущем борьбу против порочного императора. В 2006 году, участвуя в передаче телепрограммы на канале Geo Television, приуроченной к четырёхлетию этого частного телеканала, Мушарраф, отвечая на вопросы детей, признался, что почти не умеет готовить: «Я знаю только, как готовятся французские тосты. Я и жену научил их готовить».