Нанятый Фустом, Шеффер был основным работником в типографии Иоганна Гутенберга. После ссоры Фуста с Гутенбергом, Шеффер свидетельствует в суде против последнего. К 1457 году они с Фустом открыли свою типографию, назвавшись «Fust und Sch?ffer» (Фуст и Шёффер) .
Самые известные работы Шеффера:
«Гербарий» — первый травник, напечатанный в Германии. Компилятивное собрание цитат из арабских и европейских средневековых рукописей. Составителем текста стал франкфуртский врач Иоганн фон Кауб (он же, возможно, автор «Сада здравия»). Ничего неизвестно об авторе иллюстраций, благодаря которым «Гербарий» приобрел большую популярность. В книге описаны и снабжены иллюстрациями 150 растений, а также 96 лекарственных средств. К 1499 году «Гербарий» был переиздан десять раз.
После смерти Фуста, Шеффер сосредоточился на выпуске книг по теологии, гражданскому и церковному праву.
Известно, что Шеффер женился на единственной дочери Фуста, Кристине, и его сыновья также занялись книгопечатанием . Его сын Иоганн выпускал книги с 1503 по 1531 годы. Другой сын, Петер Младший, руководил книгопечатным делом в Майнце (1509—1523), Вормсе (1512—1529), Страсбурге (1530—1539) и Венеции (1541—1542). В 1526 Петер Шеффер Младший напечатал первый Новый завет на английском языке. Перевод подготовил Уильям Тиндейл . Иво, сын Петера Младшего, выпускал книги в Майнце в 1531—1555 годах .