Всю свою карьеру (1986—2002) Петер Шёттель играл за венский «Рапид», в 1997—2001 годах был капитаном команды. Болельщики «Рапида» считают его культовым игроком, в 1999 году он был включен в символическую команду столетия «Рапида». Игровой номер Петера Шёттеля — 5, был закреплен «Рапидом» до сезона 2011 года, в знак уважения к его заслугам перед клубом.
С национальной командой участвовал на двух чемпионатах мира: в 1990 и 1998 годах. Провел за неё 63 матча. Первый матч за сборную Шёттель сыграл в феврале 1988 года против сборной Швейцарии. Последним полноценным матчем Шёттеля в сборной был матч с Испанией в 1999 году, разгромно проигранный 0:9. В товарищеском матче со сборной Норвегии в 2002 году он вышел на 4 минуты, этот матч стал прощальным для Шёттеля.