Родился в крестьянской семье Трофима и Феодоры Ладыгиных. В семье было семеро детей — шесть сыновей и одна дочь. В молодости женился; жена Екатерина умерла при родах в 1888 году. В том же году скончалась и дочь Евфимия.
Учился грамоте у сельского священника. В 1888 был призван в армию, с 1889 служил в 129-м пехотном Бессарабском полку в Киеве, закончил службу в 1892 в чине старшего унтер-офицера. В этот период был духовным чадом старца Ионы (в схиме Петра), который в свою очередь был духовным чадом и послушником преподобного Серафима Саровского. По его благословению после окончания военной службы отправился в паломничество в Иерусалим и на Афон.
В 1893 посетил Святую Землю, в январе 1894 прибыл на Афон, где стал послушником в Андреевском скиту. Работал в свечной мастерской, затем помощником счетовода. В 1896 был пострижен в рясофор с именем Пигасий. В 1898 пострижен в мантию с именем Питирим, с 1900 — иеродиакон, в 1901—1902 служил на подворье в Петербурге, затем вернулся на Афон. С 1904 — иеромонах. Некоторое время был экономом. С 1911 года — настоятель подворья Андреевского скита в Одессе. Резко негативно относился к деятельности сторонников «имяславия» во время конфликта среди афонских монахов.
Во время Первой мировой войны открыл в Одессе лазарет для раненых. В 1916 награждён орденами святой Анны 3-й и 2-й степеней. С декабря 1916 управлял по поручению Св. Синода Киприанским Болгарским монастырём и Кондоровским (или Кондратским) скитом в Бессарабии.
В 1918 по поручению Патриарха Тихона отправился в Константинополь с тем, чтобы передать Константинопольскому Патриарху уведомление об избрании в России Патриарха. Выполнив поручение, посетил Афон и вернулся обратно с ответным посланием Константинопольского Патриарха. Продолжал служить в Одессе до 1923, когда был выслан из города. Некоторое время жил на хуторе Еремеевка в шестидесяти километрах от города, затем был выслан в Уфимский край, где основал в лесу тайный скит. Затем выслан в Среднюю Азию.
8 июня 1925 тайно хиротонисан в среднеазиатском городе Теджене владыками Андреем (Ухтомским) и Львом (Черепановым) во епископа Нижегородского и Уржумского, викария Уфимской епархии (титул Нижегородский был дан владыке Питириму по названию одного из районов Уфы).
В 1926 находился под следствием по делу уфимского духовенства. 21 апреля 1927 епископ Питирим принял схиму с именем Петр. Позднее вспоминал, что «в селе Воскресенском близ Четверопетровска мне сделали келью, в которой я молился и никуда не выезжал и не выходил. А в праздники и воскресные дни, я выезжал в Четверопетровск, и иногда служил. Приходило очень много народу и привозили и больных». Принимал верующих, лечил больных. Отказался признавать Декларацию митрополита Сергия (Страгородского), содержавшую далеко идущие уступки советской власти, заявлял, что «не могу признать Сергия, потому что он был обновленцем, и по нашим святым канонам он неправильно занял это местоблюстительство Патриарха». Принадлежал к Катакомбной церкви вплоть до своей кончины, рукоположил для неё многих священников.
9 декабря 1928 был арестован по делу «филиала Истинно-православной церкви». Приговорён к двум годам тюремного заключения и к пяти годам ссылки. Находился в заключении в Архангельске, в городе Аша Челябинской области, Екатеринбурге, Москве (в Бутырской тюрьме), в Ярославле. В 1933 освобождён, вновь жил в Глазове, затем в Уфе, где сторонниками владыки Андрея (Ухтомского) тогда руководил епископ Руфин (Брехов). В одном из писем так говорил об этом периоде своей жизни: «Теперь живу на покое, при моей кафедре, в праздники служу раннюю. Здесь наши верующие, и правящий еп. Руфин, митр. Сергия не признают, у нас автокефалия, до собора мы признаем и подчиняемся м. Петру Крутицкому».
В 1937—1940 жил на нелегальном положении в Калуге, в 1940—1945 — в Белорецке (в Башкирии). В 1945 был арестован в Уфе и приговорён к пяти годам ссылки в Среднюю Азию. В 1949—1951 жил в Белоруссии и на Кубани. Последние годы жизни провёл под фактическим домашним арестом в Глазове, где и скончался в возрасте 90 лет. Автор автобиографии, продиктованной им ухаживавшим за ним женщинам.
В капитальном труде митрополита Мануила (Лемешевского) о русских православных архиереях содержится такая характеристика схиепископа Петра: