Родился в местечке Читта-делла-Пьеве в 35 км от Перуджи. После обучения у местного живописца в 1470 приехал во Флоренцию и поступил в мастерскую Андреа Вероккьо.
В 1481 году, будучи уже известным мастером, в числе лучших художников Италии приглашён папой Сикстом IV в Рим для участия в работах над декорированием Сикстинской капеллы.
Работал во многих городах Италии, но более всего в Перудже, где он был главой большой мастерской. В 80-90-х годах XV века Перуджино был одним из самых прославленных художников Италии. Самый же знаменитый из его учеников — Рафаэль.
Лучшими произведениями Перуджино считаются созданные до 1500 года. Выделяется фреска «Передача ключей св. Петру», которая отличается стройностью композиции. Одна из самых известных картин — «Оплакивание Христа».
Перуджино умер от чумы в Перудже в 1524 году. После смерти своего ученика Рафаэля Перуджино завершил незаконченные им фрески в церкви Перуджи.