Михаил Пилипчук получил высшее образование, окончив Киевский политехнический институт в 1969 году. По распределению был направлен на Харьковский завод тракторных двигателей. На заводе сменил несколько должностей: инженер-теплоэнергетик, секретарь комитета комсомола, заместитель начальника электроремонтного цеха, заместитель секретаря парткома завода и секретарь парткома завода.
В 1982 году Михаил уходит с завода, чтобы заняться политической деятельностью. Был избран народным депутатом Фрунзенского района города Харькова, где на протяжении 1982—1988 годов занимал должность второго секретаря Фрунзенского райкома КПУ. В 1986 году принимал участие в мероприятиях по устранению последствий аварии на Чернобыльской АЭС. С 1988 года неоднократно становится депутатом Харьковского горсовета, где занимает должности: заместитель председателя горисполкома, председатель горисполкома, заместитель председателя городского совета и секретарь городского совета.
С 1996 года Михаил Пилипчук в течение двух лет исполнял обязанности городского головы Харькова. В 1998 году побеждает на мэрских выборах и становится полноценным Харьковским городским головой. Занимает должность мэра вплоть до 2002 года, когда на очередных выборах побеждает Владимир Андреевич Шумилкин.
За участие в запуске Алексеевской линии метрополитена Михаилу Пилипчуку присвоено звание Заслуженного строителя Украины. В 2002 году назначается руководителем Харьковского метрополитена. На протяжении 2002—2004 годов становится неоднократным победителем ежегодного Всеукраинского конкурса «Лучший работодатель года». В дальнейшем, с апреля 2006 года, занимает должность первого заместителя начальника метрополитена. Михаилу Пилипчуку присвоено звание «Почетный работник Харьковского метрополитена», а также он был награждён знаком Министерства транспорта и связи Украины «Почетный работник транспорта Украины».
В 2004 году вступает в партию Возрождение. 26 марта 2006 года избирается народным депутатом в Харьковский облсовет, где становится членом комиссии по вопросам бюджета. В 2006 году награждён почётным знаком Харьковского облсовета «Слобожанская слава», а также Почётной грамотой председателя Харьковской облгосадминистрации. В 2007 году присвоено звание Почётного гражданина Харькова.